Menjelang kejatuhan rezim Suharto, berbagai figur inteligensia Muslim secara mengejutkan memainkan peran sentral dalam wacana sosial-politik Indonesia. Hampir bersamaan, banyak inteligensia Muslim menduduki eselon-eselon atas dalam birokrasi pemerintahan. Isu-isu seputar sepak-terjang inteligensia Muslim semakin mengemuka sejak kelahiran ICMI pada 1990. Ketika gerakan reformasi muncul pada 1997/1998, beberapa figur inteligensia Muslim memainkan peran menentukan. Signifikansi-politik inteligensia Muslim ini semakin menonjol pada pemerintahan Habibie, yang dibarengi degnan dominasi mantan aktivis HMI dalam kepemimpinan partai Golkar. Kecenderungan ini memuncak dengan terpilihnya Abdurrahman Wahid sebagai Presiden pasca-Habibie. Meskipun inteligensia Muslim pada akhir abad ke-20 telah mencapai kredibilitas intelektual dan menempati posisi politik yang lebih baik, partai politik Muslim secara keseluruhan tak kunjung memperoleh dukungan suara mayoritas. Selain itu, sebagian besar pemimpin senior Islam menjadi kurang terobsesi dengan klaim-klaim Islam. Meski pengaruh inteligensia Muslim meningkat dan sikap politik inklusif di kalangan kaum Muslim menguat, partai-partai Islam masih bertahan. Seiring dengan kemunculan partai-partai Muslim yang liberal maupun yang tak liberal, pertarungan ideologi dan identitas-politik baik antar maupun intra-tradisi-tradisi intelektual yang ada terus berlangsung dengan agenda yang berbeda serta intensitas dan ekspresi yang beragam. Semua gambaran tersebut mencerminkan adanya kesinambungan (continuity) dan perubahan-perubahan (changes) dalam gerak perkembangan inteligensia Muslim. Namun, transformasi inteligensia Muslim dari posisi marginal menuju posisi sentral dalam dunia politik dan birokrasi Indonesia ini tidak bisa lagi dibaca dengan studi-studi yang telah ada mengenai elite Indonesia modern dan politiknya-sebutlah Clifford Geertz (1960, 1976), Robert van Niel (1970), R. William Liddle (1973), Donald K. Emmerson (1976), atau Ruth McVey (1989). Meningkatnya pengaruh inteligensia Muslim, baik secara intelektual, politik, dan birokratik, setelah sekian lama mengalami marginalisasi Islam politik, menghadirkan wawasan-wawasan baru yang menyiratkan betapa pentingnya mempertimbangkan beragam faktor penentu politik dan beragam medan relasi kuasa dalam dunia perpolitikan Indonesia. Di sisi lain, melemahnya daya tarik partai-partai Islam buat para pemilih akar rumput dan berubahnya sikap politik di kalangan anggota senior inteligensia Muslim pada akhir abad ke-20 mengindikasikan pentingnya mempertimbangkan keadaan-keadaan sinkronik (perubahan) yang ada dalam sebuah bentangan perkembangan diakronik (kesinambungan) dari inteligensia Muslim. Studi penelitian ini merupakan sebuah upaya untuk menelaah genealogi inteligensia Muslim dalam hubungannya dengan pertarungan kekuasaan (power) di Indonesia abad ke-20. Dalam upaya ini, pendekatan dengan kerangka waktu longue dur akan dikombinasikan dengan sebuah metode interaktif, interdisipliner, dan intertekstual untuk mendapatkan pemahaman yang lebih baik mengenai beragam impuls dan interaksi yang turut memberikan sumbangan bagi kesinambungan dan perubahan dalam gerak perkembangan jangka panjang dari inteligensia Muslim dalam relasinya dengan "kuasa".