Dua tahun setelah Fujimaru Takagi menghentikan Bloody Monday, bantuannya kembali diperlukan untuk meng-hack sebuah pesawat yang akan menghantam Gedung Parlemen Tokyo! Tapi, Fujimaru menolaknya, "Aku bukan hacker lagi" Apa yang membuat Fujimaru berkata begitu? Sementara itu, sebuah organisasi teroris sedang menyusun rencana penghancuran dengan kata kunci 'Kaisar Ketiga'...