Fairy Tail dan sekutu mereka mencoba memenjarakan Acnologia dalam celah ruang waktu yang diciptakan oleh Eclipse, gerbang perjalanan waktu buatan Zeref. Namun, Acnologia berhasil keluar dari celah tersebut sementara tubuh manusianya menjebak semua dragon slayer ke dalam dimensi ruang waktu demi mempertahankan kekuatan barunya yang seperti dewa. Setelah Lucy dan para penyihir lainnya di seantero benua melumpuhkan tubuh naga Acnologia di dalam Fairy Sphere, Natsu mengumpulkan sihir dari para dragon slayer lainnya dan menghancurkan tubuh manusia Acnologia, membunuhnya dan membebaskan para dragon slayer dari dimensi tersebut. Setahun berikutnya, Natsu dan kelompoknya berangkat untuk melakukan misi seratus tahun dan melanjutkan petualangan mereka bersama-sama.