Yoshimori, dkk menyusup bersama ibunya ke dalam istana hitam yang muncul dari bawah tanah untuk menjemput Tuan Karasumori yang tersegel selama 400 tahun.

Rombongan pun berkeliling mencari lokasi keberadaan sang tuan di dalam istana di mana makhluk-makhluk beraneka rupa berseliweran, tapi sekalipun ada pertanda kehadirannya, sosoknya tak ditemukan...

Saat itu, Yoshimori mengambil tindakan tak terduga! Nasib para kekkaishi pun mulai berubah drastis...