Pertempuran dahsyat terjadi di Edo, antara para Exorcist melawan para Noah yang dipimpin oleh The Earl of Millennium! Setelah sekian lama, Allen yang telah pulih dari luka-lukanya kembali bergabung dengan teman-temannya. Tetapi baru sebentar mereka merasakan kegembiraan karena berkumpul kembali, jebakan sang Earl membawa Allen dan kawan-kawan masuk ke dalam Ark lama yang mulai hancur, tanpa bisa keluar dari sana!