Sejak resmi berdiri pada 1999, Ma'had Al-Zaytun tiada henti menuai kontroversi. Pesantren modern di pelosok desa di Indramayu, Jawa Barat, ini disebut-sebut terkait gerakan Negara Islam Indonesia (NII) yang diproklamasikan SM Kartosoewirjo pada 1949. Pemimpin Ma'had Al-Zaytun, Syekh AS Panji Gumilang, konon adalah Imam NII KW9. Begitu pula para pengurus pesantren, tak lain adalah para pejabat dan aparat NII. Tak hanya itu, dana pembangunan dan operasional pesantren ini diduga pula mengalir dari kantong jamaah NII. Dana tersebut dimobilisasi secara ofensif melalui berbagai kewajiban zakat, infak dan sedekah dalam beragam jenis, yang dilegitimasi dengan doktrin keagamaan menurut tafsiran NII. Sebagian kalangan melancarkan tuduhan dan hujatan, menyebut NII KW9 dan Ma'had Al-Zaytun sebagai gerakan makar dan sesat. Sebagian kalangan lainnya justru kagum terhadap pesantren terbesar dan termegah di Asia Tenggara itu. Seperti apakah cerita sebenarnya perihal pesantren ini? Al-Zaytun: The Untold Stories adalah buku yang ditulis berdasarkan riset investigasi terhadap pesantren paling kontroversial di Indonesia. Dengan pendekatan yang jernih dan kritis, buku ini mengurai secara detail sejarah berdiri dan perkembangan Ma'had Al-Zaytun. Buku ini juga mengungkap misteri kunci yang selama ini diributkan banyak kalangan tentang tokoh, doktrin dan ajaran keagamaan, serta sumber pendanaan pesantren tersebut.