Di sebuah hutan kecil dalam kota, terdapat sebuah museum. Museum Shinra, demikian namanya. Pemiliknya seorang anak laki-laki bernama Shinra Sakaki, pemilik ketiga cincin C.M.B yang konon merupakan simbol ilmu pengetahuan yang turun-temurun diserahkan oleh Tiga Orang Bijak pelindung The British Museum pada murid yang mereka akui kemampuannya. Bersama Tatsuki Nanase, gadis SMA yang senantiasa mengomel serta mencegahnya terlibat masalah berbahaya, keduanya menemui berbagai misteri, yang dipecahkan Shinra dengan pengetahuan dari wunder kammer.