Conan membentuk grup detektif cilik bersama dengan teman-temannya untuk menangani kasus sederhana yang mereka lihat. Namun saat pertama kali mereka menangani sebuah kasus untuk mencari seekor kucing yang hilang, grup detektif cilik ini menemukan sosok mayat di dalam sebuah kamar mandi. Anehnya ketika polisi datang untuk menyelidiki, mayat tersebut malah menghilang. Apakah yang terjadi pada mayat tersebut? Dan kemana perginya mayat yang hilang itu? ...

Pencuri nomor satu di dunia. Arsene Lupin, bangkit dari kuburi? Conan berhadapan dengan kasus pencurian kalung ratu di benteng pembelah laut! ...

Suara riak gelombang memunculkan kembali ingatan Conan tentang masa kecilnya. Ingatan bagaimana dirinya dan Ran yang masih kanak-kanak, bertemu dengan Sera di pantai. Ingatan bahwa dia juga melihat Shuichi Akai di sana… ...