Kiko mengisahkan seekor anak ikan mas koki yang sangat mandiri, walaupun ia anak tunggal. Kiko yang selalu riang memiliki empat sahabat baik yaitu Lola si ikan diskus, Ting Ting si kepiting, Patino si ikan patin dan Poli si ikan cupang. Di sisi lain, sosok antagonis, Karkus si ikan lele dan Pupus si belut, selalu membuat ricuh kehidupan Kiko. Suatu hari, danau tempat tinggal Kiko tercemar polusi atau limbah beracun akibat ulah sembrono manusia sehingga menyebabkan Kiko dan teman-teman berubah menjadi mutan.