Kembali ke Jepang, pencarian Iriya dan Yuri akan Atlantis membawa keduanya ke Pulau Kyushu di selatan Jepang. Kali ini, mereka ditemani dua teman baru; Demel yang mengaku bodyguard utusan almarhum ayah Yuri dan Mr. Ward, konglomerat yang bermimpi menemukan Atlantis. Di sana, Iriya terkejut ketika menemukan kemiripan antara legenda Yuriwaka Daijin dengan kisah perjalanan Ulysses.