Saat mengejar kertas-kertas ulangannya yang ditiup angin, Nobita menemukan tunas pohon. Tunas itu akhirnya bisa bergerak bebas berkat alat rahasia Doraemon dan dinamai Kibo. Waktu menemani Kibo bermain di bukit belakang, Nobita dkk menemukan benda aneh yang tiba-tiba mengisap mereka ke lubang hitam!

Begitu sadar, mereka terdampar di planet asing yang ditinggali alien tanaman yang bisa bergerak serta bicara. Gawatnya, mereka terpisah dengan Kibo!

Bisakah mereka menemukan Kibo dan pulang dengan selamat?