Mahkamah Syar’iyah di Aceh memiliki kewenangan yang lebih luas dibanding dengan pengadilan agama lainnya di Indonesia. Selain memiliki kewenangan mengadili perkara yang menjadi kewenangan pengadilan agama di Indonesia, Mahkamah Syar’iyah juga memiliki kewenangan yang diberikan oleh undang-undang dalam bidang jinayah (pidana Islam). Secara lebih tegas, Pasal 128 ayat (3) Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2006 menyatakan bahwa kewenangan Mahkamah Syar’iyah adalah perkara yang meliputi bidang ahwal al-syakhsiyah (hukum keluarga), muamalah (hukum perdata), dan jinayat (hukum pidana) yang didasarkan atas syariat Islam. Perkara jinayat (pidana) yang menjadi kewenangan Mahkamah Syar’iyah adalah khamar (minuman keras), maisir (berjudi), khalwat (nonmuhrim berdua-duaan), ikhtilath (nonmuhrim bermesraan), zina, pelecehan seksual, pemerkosaan, qadzaf (menuduh berzina), liwath (homo), dan musahaqah (lesbian).