Tiga Belas Jiwa secara umum bercerita tentang kehidupan di Rumah Sakit Jiwa dari sudut pandang pekerjanya. Mulai dari keriuhan IGD, hiruk-pikuk Instalasi Rawat Jalan, rangkaian aktivitas Instalasi Rehabilitasi Mental, sampai ketegangan Instalasi NAPZA. 

Novel ini menggunakan alur maju, tapi dituliskan dalam sudut pandang tujuh orang yang berbeda. Dimulai dari dr. Raga Askaradewa, Sp.KJ selaku kepala IGD yang memperkenalkan lingkungan RSJ secara umum dan pertemuannya dengan seorang mahasiswi Universitas Pasundan. Disambung oleh dr. Allail Johan Rachmadi, Sp.KJ saat menangani kasus non-psikiatri di IGD, juga hubungannya dengan Laila Adara, keponakan bibi kantin yang sedang menunggu kelulusan. 

Kisah berlanjut dengan sudut pandang dr. Jonathan Lautner, Sp.N dan dokter pribadinya dalam usaha menyembunyikan sekaligus mengobati Thalassemia. 

Sementara dr. Alexa sibuk mencari jalan keluar untuk Thalassemia yang diderita oleh dr. Jonathan Lautner, pembaca akan diperkenalkan dengan Jourell Ravinsa. Seorang psikolog ternama di Provinsi Jawa Barat yang tengah merasa hambar dengan hubungan percintaannya bersama sang kekasih. Saat itulah muncul Ariella Tiana, adik kelasnya yang memutuskan untuk berkunjung ke RSJ setelah mengalami kasus pelecehan seksual. 

Di Instalasi NAPZA, dr. Catra Surya Wirawan, Sp.KJ harus menghadapi pasien mengamuk bersenjata pisau bedah untuk menyelamatkan dr. Mela yang tersandera. Dalam adegan dramatis yang melibatkan dua orang tersebut, dr. Catra memutuskan bahwa dirinya tertarik pada dr. Mela, sepupu dr. Dipta dari Instalasi Radiologi. 

dr. Dwipradipta, Sp.Rad., sepupu dr. Mela, adalah seorang dokter yang sangat menyayangi ibunya. Sebagai anak laki-laki dan satu-satunya, dia selalu berusaha menyenangkan dan menenangkan ibunya. Padahal, dalam hati juga was-was, takut, dan khawatir akan keadaan ayahnya: seorang tentara yang bertugas di daerah konflik. Di tengah situasi demikian, dia bertemu dengan Freya, adik perempuan Khrisna Adhyaksa. 

Freya, yang seharusnya tidak berada di Indonesia, mengusik ketentraman dr. Khrisna Adhyaksa, Sp.EM. Usahanya untuk kabur dari sang ayah, juga tanggung jawab sebagai pewaris Adhyaksa Farma, mulai goyah. Ia diliputi rasa bersalah karena telah mengorbankan Freya demi dirinya sendiri.