Buku Pengantar Ekonomi Islam dibagi dalam tiga bagian: pertama, landasan teologis ekonomi Islam. Dalam bagian ini, dijelaskan tentang Islam dan ilmu pengetahuan, serta landasan berpikir sistem ekonomi Islam. Kajian Islam dan ilmu pengetahuan tetap selalu menarik untuk dikaji agar supaya dapat dipahami bahwa Islam sebagai sistem keyakinan juga sebagai sistem pengetahuan yang banyak memberikan cakrawala ilmiah aktual. Dengan pemahaman Islam dan ilmu pengetahuan diharapkan dapat memberikan pemahaman awal tentang sistem dan ilmu ekonomi Islam.

Kedua, tentang epistemologi ekonomi Islam yang dibahas dalam bagian keempat (peta pemikiran ekonomi Islam), dan bagian kelima (hierarki pemikiran ekonomi Islam). Pada bagian ini, telah banyak buku atau literasi yang membahas tentang epistemologi ekonomi Islam. Namun dalam buku ini, terdapat beberapa kritik dan paradigma yang berbeda dalam penjelasannya, terutama tentang peta pemikiran ekonomi Islam.

Ketiga, tentang kajian empiris sistem ekonomi Islam. Dibagi dalam bagian keenam (perkembangan perbankan Islam di dunia), dan bagian ketujuh (ekonomi Islam di Indonesia).

Bagian-bagian tersebut diharapkan dapat memberikan pengetahuan dan metodologi dalam memahami ilmu dan sistem ekonomi Islam. Hal yang sedang berproses menuju pada peradaban Islam di bidang ilmu pengetahuan ekonomi.