Masalah pelanggaran hak asasi manusia (HAM) Papua menjadi isu paling kontroversial dan mendapatkan perhatian serta respons beragam. Secara universal, penerapan prinsip HAM di Papua menjadi lebih dilematis karena konteks ekonomi politik dan dinamika konflik yang dipengaruhi oleh peran dan keterlibatan berbagai aktor dengan multi kepentingan. Masalah penghormatan dan pemenuhan HAM Papua tidak otomatis mudah diimplementasikan. Sementara itu, pemulihan kondisi Papua belum tercapai terutama dalam hal memberikan rasa keadilan bagi korban yang menjadi pihak paling dirugikan.

Di dalam skema akar masalah Papua, pelanggaran HAM, dan kekerasan negara menjadi satu sumber konflik menurut buku Papua Road Map tahun 2009. Buku ini memperbarui Papua Road Map dan secara khusus fokus pada isu HAM Papua antara lain mengenai sumber-sumber kekerasan di Papua, di mana sebagian aksi mengarah pada pelanggaran HAM berat. Buku ini juga menganalisis korelasi antara HAM dan konflik, serta HAM dan bisnis/investasi. Secara parsial, pembahasan mengacu pada beberapa kasus pelanggaran HAM dari dimensi politik, hukum internasional, keamanan (negara dan manusia), ekonomi (investasi dan sumber daya alam), sosial (gender), dan budaya (adat).