Maluku pada abad ke-16 merupakan salah satu kawasan terpenting Nusantara. Pada saat itulah di bawah kekuasaan Sultan Babullah, Maluku berhasil mengusir penguasa kolonial terkuat saat itu, Portugis, dari kepulauan Maluku selamanya. Tahun-tahun yang Menentukan menjelaskan kemunduran hubungan Ternate-Portugis sejak masa kekuasaan ayah Sultan Babullah, yaitu Sultan Khairun yang toleran dan mengenal dekat Fransiskus Xaverius. Hubungan makin memburuk setelah Sultan Khairun dibunuh oleh Portugis atas perintah Gubernur de Mesquita. Untuk membalas dendam sang ayah, Sultan Babullah mengepung Benteng Gamlamo dan berhasil mengusir Portugis untuk selamanya dari tanah Maluku. M. Adnan Amal, penulis Kepulauan Rempah-rempah, menulis peristiwa bersejarah ini dengan sangat menarik. Tidak mengagung-agungkan pihak yang menang atau mengutuk pihak yang kalah, penulis justru memaparkan dengan jernih dilema persahabatan dan perseteruan antara dua masyarakat yang berbeda agama, Muslim dan Kristen, di pulau penghasil rempah-rempah ini.