Karena Kecerobohannya, Conan, Ran dan ayahnya terpaksa menumpang di kapal yang disewa keluarga Hatamoto untuk kembali ke Tokyo. Saat akan makan malam, Gozo, kepala keluarga Hatamoto ditemukan tewas di dalam kamarnya. Melihat keadaan korban diduga ia bunuh diri. Tetapi, mata jeli Conan melihat keanehan pada kejadian ini. Serbuk roti terdapat di atas darah korban ... ...

Shinichi Kudo adalah siswa kelas 2 SMU yang tertarik pada misteri. Di sela-sela kesibukan sekolahnya, ia sering membantu polisi menyelesaikan suatu kasus. Pada suatu hari, ia dipaksa minum racun yang mengakibatkan tubuhnya menjadi susut oleh kawanan penjahat. Ia lalu minta tolong Profesor Agaasa untuk mencarikan obat penawarnya. Entah, apakah ia berhasil mencari obat penawarnya dan menangkap kawanan penjahat? ...

Jubei Mitsuyoshi dari aliran Yagyu adalah pendekar pedang jahat yang dibangkitkan kembali setelah 350 tahun. Tapi, dia tidak sadar bahwa dirinya adalah seorang pembunuh bayaran. Dia juga akan beruban menjadi manusia serigala yang mengamuk bila minum sake. Dengan Jubel sebagai tambahan tenaga baru, lagi-lagi Yaiba bertarung dengan Goemon di Kawanakajima. ...

Yaiba harus merebut kembali Peta Bola Legenda yang direbut si pencuri besar, Goemon Ishikawa. Dia menuju Benteng Osaka Onimari dengan menaiki patung Budha raksasa. Tapi, Budha raksasa pun kesulitan menghadapi menghadapi andalan lawan yang berupa benteng robot berkekuatan besar. Nah, Yaiba hajar saja si Gaemon itu!!! ...

Waaahh! Laut terbelah!! Dengan kekuatan bola Dewa Air yang didapatkan Yaiba, Perairan Seto terbelah menjadi dua!! Mereka kini menuju Pulau Shikoku untuk mencari bola dalam legenda. Tapi, hati-hatilah, Yaiba!! Disana, terdapat jebakan-jebakan yang dipasang Onimaru dan Manusia Laba-laga... Dan perebutan bola pun mencapai klimaksnya!! ...

Apaaa!? Istana Onimaru bisa terbang!? Untuk merebut kembali bola Dewa Petir yang jatuh ke tangan Onimaru musuh bebuyutannya, Yaiba memerlukan bola Dewa Naga yang legendaris. Lalu, misteri apa yang ditemui Yaiba dan kawan-kawan dalam perjalanan yang hanya berpedoman pada sebuah peta itu? ...

Istana Onimaru diserang bersamaan!! Yaiba dan kawan-kawan yang tak kenal takut bersatu dan berusaha menduduki istana. Tapi, Empat Raja Langit yang merupakan setan-setan terkuat telah menanti mereka. Pertarungan antara Yaiba dan Onimaru makin dekat... Sementara Yaiba terus menyerang bermodalkan jurus andalan barunya, 'Pemotong Halilintar'!! ...

Senpuuken dikalahkan oleh pedang sakti Monohoshizao milik zombi Koliro, jago pedang yang dibangkitkan kembali. Dan akhirnya Pedang Dewa Petir kembali mengamuk!! Walaupun belum bisa digunakan dengan sempurna, Yaiba bertarung dahsyat dan menang atas Dewa Petir. Hari penentuan pun makin dekat... Onimaru, bersiaplah!! ...

Yaiba bertarung hebat melawan Delapan Setan suruhan Onimaru sambil terus menerima latihan-latihan tak lazim dari sang guru, Musashi yang usianya kurang lebih 400 tahun. Bersama Gerozaemon yang kini telah menjadi kawannya, perjalanan Yaiba saat ini semakin meriah saja!! ...

Onimaru, musuh besar Yaiba, berubah menjadi setan karena terpikat kekuatan Pedang Dewa Angin. Untuk mengalahkannya, Yaiba berlatih keras di bawah bimbingan seorang kakek perkasa yang tinggal di Bukit Tengu, Musashi Miyamoto. Apa Yaiba sang Samurai dalam legenda akan mampu menguasai Pedang Dewa Petir dengan sempurna? ...