Alkisah dalam KEMI, santri cerdas (Ahmad Sukaimi) terjebak dalam kubangan liberalisme dan terjerat sindikat kriminal pembobol dana-dana asing untuk proyek liberalisasi di Indonesia. Nasib Kemi berujung tragis. Ia disiksa donaturnya sendiri karena dianggap gagal menjalankan misi. Kini, KEMI 2 berkisah tentang perebutan Kemi oleh sesama aktivis liberal. Kemi diculik dari Rumah Sakit dan dikirim ke pusat pengobatan canggih. Pergulatan Islam dan liberalisme memasuki babak yang semakin seru ...