Dua tahun sudah berlalu sejak saat itu... latihan dengan Jiraiya sudah selesai dan Naruto yang terlihat gagah pulang ke desa Konohagakure...!! Di saat Naruto punya waktu luang untuk reuni dengan teman-teman yang dirindukannya, cengkeraman jahat 'Akatsuki' membayangi Gaara yang sudah jadi Kazekage!! Perubahan bagian kedua akan dimulai!! ...

Tim Naruto akhirnya sampai ke menara di tengah Hutan kematian saatnya membuka Gulungan itu, tiba tiba asap mengepul mengelilingi mereka dari gulungan itu Sakura dan Naruto langsung meleparkan gulungan itu hingga tiba tiba muncul sosok di depan mereka siapakah orang itu? ...

'Sasuke pasti mencariku.' Orochimaru meninggalkan kalimat penuh misteri itu dan menghilang dari kelompok Naruto Tim Naruto terdesak Sasuke masih terluka dan tidak bisa bertarung Naruto terpojok dan Sakura tak bisa berbuat apa apa bisakan mereka lolos dari ujian ini? ...

Sasuke gugur saat melindungi Naruto ...

Demi membebaskan Gaara yang ditangkap, Naruto dan kawan-kawan mengincar tempat persembunyian Akatsuki! Tapi, sebelum itu, mereka harus menghadapi Itachi!! Di pihak lain, Kisame muncul di hadapan kelompok Guy yang bergerak di tempat lain!! Bagaimanakah akhir dari takdir Gaara...!? ...

Saat Naruto dan kawan-kawannya mengira sudah berhasil mendapatkan peti mati tempat Sasuke tertidur, muncul musuh baru, Kimimaro!! Naruto VS Kimimaro, Shikamaru VS Tayuya, serta Kiba dan Akamaru VS Sakon. Tiga pertarungan sampai mati pun dimulai! Wahai orang-orang yang penuh semangat, perhatikan pertarungan ini!! ...

Chouji bertarung dengan penuh harga diri dan berhasil mengalahkan Jiroubou. Tapi, dia juga roboh. Shikamaru, Naruto, Kiba, dan Neji mengejar para ninja Oto dengan persiapan bertaruh "satu lawan satu"! Kini, giliran Neji menghadapi Kidomaru si pengendali jaring laba-laba dengan "Byakugan"! ...

Sasuke menginginkan `kekuatan` yang lebih besar. Dia membuang desa serta teman-temannya dan menuju tempat Orochimaru! Naruto bermaksud membawa Sasuke pulang dengan paksa. tapi. . . ! ? saat berhadapan dengan Naruto. kenangan Sasuke tentang Itachi. kakaknya. datang dan pergi seperti lentera putar dalam pikirannya! ! ...

Tsunade pulang kedesa sebagai Hokage Kelima! Sebelum upacara pengangkatan. dia mengoobati Kakashi. Sasuke. dan yang lain. Bagaimana kondisi Lee!? Lalu Sasuke yang baru saja sadar. tiba-tiba menantang Naruto ...

Sasuke meninggalkan teman-temannya dan keluar dari Konoha. Apa hatinya sudah jadi milik Orochimaru...!? Namun, atas perintah Hokage Kelima, Shikamaru yang kini berstatus Chuunin, mengumpulkan Naruto, Neji, Kiba, dan Chouji. Mereka berlima dan Akamaru pun segera mengejar Sasuke. ...

Kalau kau bunuh teman terdekatmu, kau akan memperoleh kekuatan"... Sesuai ucapan Itachi, Sasuke benar-benar berniat menghancurkan Naruto, sahabatnya! Rasengan Naruto don Chidori Sosuke pun bertabrakan dengan sengit!! Siapa yang akan jadi pemenang dalam pertarungan sampai mati yang belum pernah terjadi ini!? ...

"Ternyata, hanya kenangan ini yang tak hilang." Yang menguatkan kembali hati Tsunade yang galau adalah Naruto! Jiraiya, Naruto, dan Shizune tiba tepat saat Tsunade hampir dikalahkan Orochimaru dan Kabuto!! Pertarungan yang tak pernah ada dalam sejarah akan dimulai!! ...

Tanzakujou bergetar!! Tsunade bertemu dengan Orochimaru dan kini berada dalam keadaan terjepit. Orochimaru mengajukan sebuah syarat jika Tsunade mau menyembuhkan lengannya yang cedera. Namun, muncul Jiraiya dan Naruto di hadapan Tsunade yang hatinya mulai goyah. Dan pilihan Tsunade adalah... ...

Gaara berubah jadi wujud yang mengerikan di hadapan Sasuke!! Sasuke menghadapinya dengan jurus terlarang Chidori. roboh karena kekuatan segel gaib! Naruto dan yang lain akhirnya berhasil menyusul serta menyelamatkan Sasuke yang terdesak. tapi mereka tak bisa menghentikan perubahan Gaara!! ...

Naruto yang memulai perjalanan latihan dengan Jiraiya, didatangi pengunjung yang mengerikan. Apa tujuan Itachi, kakak Sasuke, dan Kisame Hoshigakil? Mereka berdua bermaksud membawa serta Naruto yang berdiri kaku. Tapi saat itu, Sasuke datang! Kali ini, dipenuhi amukan badai!! ...