Terjadi kekacauan yang berturut-turut. Penyerangan di rumah komandan kepolisian Pak Uramaru dan penyerangan di Dojo Maekawa. Perencana seluruh kekakcauan ini bernama Enishi Yukishiro, yang ternyata adalah adik dari istri Kenshin yang dibunuh secara kejam. Kenshin pun seakan melihat kembali kilas balik mendiang istrinya semasa masih hidup... ...

Sepulang dari Kyoto, Kenshin bertemu dengan seorang laki-laki yang memiliki satu lengan. Ternyata laki-laki itu baru kembali dari Shanghai dan merupakan anggota kelompok yang punya dendam pada Kenshin. Pada suatu hari tiba-tiba restoran Akabeko dibom dengan senjata armstrong gun. Kemudian, Dojo Maekawa, tempat Kaoru dan Yahiko berlatih pun diserang orang tak dikenal. Apakah penyerangnya adalah orang yang sama, laki-laki berlengan satu!? ...

Kenshin,saito,dan sanosuke berhasil mencegah rencana shishio membakar kyoto dan menghancurleburkan tokyo. Shishio yang sudah kalah menantang kenshin untuk bertarung di sarangnya. Kenshin pun menerima tentangan itu. Di saat bersamaan,sanosuke si pembuat onar barus beradapan dengan gurunya sendiri, seorang pendeta mangkir bernama Anji yang mendapat gelar Myoo. Dan, ia berhasil melumpuhakan Anji dengna jurus 'sanju no kiwami' yang dia kembangakan sendiri. ...

Saat pelatihan Kenshin berlanjut di bawah pengawasan Masternya Hiko Seijuro, Okina, mantan pemimpin Oniwabanshu, akan mempertaruhkan nyawanya untuk mencegah Aoshi terjun ke dalam kegelapan yang tidak dapat kembali lagi. Shishio memanggil Sepuluh Pedang untuk memulai penaklukan Jepang. ...

Ketika bertarung melawan shishio,pedang 'sakabato' milik kenshin patah,kenshin pun lalu mencari si pembuat pedang bermata terbalik itu. Teryata sang empu telah meninggal dunia,namun dia masih menyimpan satu pedang yang dirawat anaknya,seiku. Akan tetapi, seiku tak bersedia melepaskan pedang tersebut pada siapa pun. Kenshin pun hendak meninggalkan rumah seiku,namun terjadi keributan... ...

Di desa Shingetsu, Kenshin akhirnya berhadapan dengan Makoto Shishio. Namun, Shishio menolak bertarung dengannya dengan alasan Kenshin jiwanya belum kembali menjadi ?Battosai Si Pembantai?. Kemudian, Shishio malah menyuruh asistennya, Sojiro, untuk menghadapi Kenshin. Ketika itulah pedang ?sakabato? milik Kenshin patah? ...

Kenshin berjalan kaki menuju Kyoto dalam mencari Shishio, melalui Tokkaido. Ia pun tiba di Desa Shingetsu, yang ternyata sedang dikuasai Shishio dan anak buahnya. Lalu, seorang anak kecil menjerit melihat ayah-ibunya digantung di atas pohon di tengah desa. Jeritan itu terdengar oleh anak buah Shishio sehingga mereka datang ke tempat itu. Kenshin pun menghadapi mereka dalam satu gebrakan mencengangkan penduduk desa yang menyaksikannya? ...

Raijuta berniat membangkitkan kembali aliran ?shinko?. Untuk itu, dia berpura-pura bersikap baik dan mengangkat murid putra saudagar kaya bernama Yutaro. Yutaro yang begitu mengidolakan sang guru tidak menyadari niat jahat gurunya. Suatu hari, guru yang diidolakannya itu malah melukainya tanpa mempedulikan nyawanya. Selamatkah Yutaro dari tebasan pedang Raijuta?!? ...

Suatu hari Hajime Saito, seorang polisi mantan anggota gerakan Kelompok Shinsen yang kini berganti nama menjadi Goro Fujita, datang menantang Kenshin. Namun, sebenarnya dia hendak mengukur kekuatan Kenshin atas perintah menteri dalam negeri, Toshimichi Okubo. Akan tetapi, setelah tugas itu selesai Menteri Okubo dibunuh. Peristiwa ini membuat Kenshin bertekad untuk segera pergi ke Kyoto mencari Shishio si Pembunuh Menteri... ...

Kenshin Himura yang bergelar `Battosai si Pembantai` dalam pengembaraaannya berhasil menangkap dua orang penjahat bersaudara bernama Hiruma (Battosai palsu) yang ingin merebut tanah tempat dojo Kaoru Kamiya.   Hiruma bersaudara kemudian meminta tolong pada seorang petarung bernama Sanosuke Sagara untuk mengalahkan Kenshin dan merebut tanah Kaoru. Sanosuke menerima tawaran itu karena ia benci ksatria Meiji seperti Kenshin. Dan, pertarungan antara Kenshin dan Sanosuke pun dimulai... ...

Kazuki dan Gouta akhirnya bertemu kembali dengan Tokiko di kuburan orang asing. Tetapi, yang menanti mereka di sana adalah sergapan assasination team! Tak ada jalan selain bertarung!!, Tokiko dan Gouta melawan Maruyama, Negoro dan Capitan Bravo!! ...