Bangunan menara kembar yang membanggakan tingginya, yaitu 319 dan 294 meter baru saja didirikan di kota Nishitama. Saat melihat-lihat gedung itu sebelum dibuka resmi, Conan melihat mobil yang digunakan oleh pria berjubah hitam. Dan lagi pada akhir pekan itu, dua orang yang bersangkutan dengan gedung tersebut dibunuh secara beruntun. Di sisi lain, Profesor Agasa menyadari bahwa Haibara diam-diam menelepon di tengah malam. Apakah serangkaian kasus ini adalah ulah pria berjubah hitam? Siapa yang ...

Conan dan lainnya berpartisipasi dalam pelayaran perdana kapal pesiar Aphrodite. Pada saat pesta makan malam, mereka berkenalan dengan sang perancang kapal tersebut, Minako Akiyoshi, serta seorang penulis skenario, Hironari Kusaka. Keesokan harinya, terjadi kasus pembunuhan saat Conan, Ran, Sonoko, dan yang lainnya sedang bermain petak umpet! Direktur perusahaan pemilik kapal Aphrodite terbunuh di kamarnya, sementara direktur utama grupnya yang adalah ayahnya ditemukan sebagai jasad. Conan dan ...