Tsugumi masih mencari tujuan hidupnya di SPSS sambil menjalani hari-hari dengan ceria. Dia berkenalan dengan banyak orang, bertualang di gedung sekolah, serta kerja paruh waktu (dan ditipu). Tapi, sesuatu yang berbahaya sedang diam-diam bergerak di Death City. Hal ini berhubungan dengan seorang penyihir bernama Shaula Gorgon… ...

Tsugumi Harudori, 14 tahun, jauh-jauh datang dari Jepang ke Sekolah Pengendali Senjata Shinigami alias SPSS untuk mengasah kemampuannya sebagai Senjata. Tapi, bukannya mendapatkan partner Pengendali, dia malah... diperebutkan? Dunia Soul Eater kini kembali hadir dengan kisah yang lebih ringan dan jenaka! ...

Doktor Stein dan empat anggota Tim Spartoi diberangkatkan untuk membantu SPSS cabang Moskow. Begitu tiba, darah hitam Soul bereaksi terhadap kegilaan yang disebarkan Crona dan berbalik menyerang Tim SPSS! Sementara itu, Crona yang kembali setelah menjalani eksperimen kebingungan karena Medusa tiba-tiba memperlakukannya dengan baik. Ajaran membunuh yang selama ini ditanamkan Medusa pada Crona pun membawa hasil mengerikan! ...

Pertarungan di Istana Baba Yaga akhirnya berakhir. Maka dkk. pun kembali ke SPSS untuk memulihkan diri. Namun, pertarungan dengan Kishin belum berakhir dan mereka terus berlatih untuk siaga setiap saat. Di lain pihak, Stein dan Marie berhasil menemukan dan menghadang pelaku pembunuhan B.J yang berniat memasuki Death City! Siapakah dia!?   ...

Maka akhirnya sampai ke ruang ratu laba-laba bersama Soul dan Medusa. Tapi, mereka menemukan Arachne terkapar di lantai! Apa sebenarnya yang terjadi!? Di lain pihak, Kid yang mengejar Mosquito tak sengaja melihat pertarungannya melawan Penyihir Eibon. Gawatnya persembunyiannya ketahuan Eibon! Sementara itu, pertarungan maut Black Star dan Mifune pun menuju akhir! Bagaimanakah hasilnya!? ...

Maka dkk. berhasil menyusup ke Istana Baba Yaga berkat petunjuk Medusa. Gawatnya mereka harus berpencar untuk menghancurkan madogu kunci di delapan menara yang mengelilingi kamar Arachne. Ox dan Harvar pun harus menghadapi Kim dan Jacqueline yang sudah dicuci otak dengan mesin pengendali moral. Sementara itu, Death the Kid dkk. yang menuju menara delapan dihadang Mosquito! Di tengah situasi genting, Black Star datang menerobos dengan kehebohannya. Namun, Samurai Mifune menghadangnya! ...

Medusa akhirnya menjelaskan transaksi yang diinginkannya pada Shinigami. Dia mengajak SPSS bekerja sama untuk menghancurkan Arachnophobia. Maka dkk. pun terpilih untuk menyertai misi penyerangan Istana Baba Yaga. Tapi, bisakah mereka bekerja sama? Lalu, apa maksud di balik ajakan kerja sama Medusa? ...

Maka dan Soul menemui Doktor Stein untuk latihan khusus. Stein memperingatkan bahwa ada kemungkinan mereka takkan bisa beresonansi lagi kalau gagal menyelesaikan latihan, tapi Maka bersikeras karena begitu ingin jadi kuat supaya Soul nggak terluka lagi. Namun, mimpi aneh Soul membuatnya ragu mencari kekuatan. Sikap Soul yang enggan berbagi ketakutannya membuat Maka putus asa. Resonansi jiwa mereka pun mulai nggak cocok. Bisakah mereka menghadapi tugas berbahaya yang diberikan Tuan ...