Scooby, Shaggy, Fred, Daphne, dan Velma mengira bahwa mereka telah melihat segala macam makhluk aneh di luar sana--hantu, peri, penyihir, pesulap, apa saja. Sampai kemudian ...., anak-anak dari Geng Misteri itu melihat UFO! Kini, para detektif sakti itu harus bisa memecahkan misteri yang tampaknya, bukan dari dunia ini. Namun, di kota yang penuh dengan para ilmuwan yang mencurigakan, orang-orang aneh, dan pemburu UFO sinting, sulit membedakan mana makhluk asing yang asli dan mana yang palsu. Bisakah kelompok itu memecahkan misteri ... sebelum makhluk-makhluk kecil berkulit hijau itu menangkap mereka?