Haru dan Mana bertekad masuk ke Distrik 13 Tokyo. Untuk itu, mereka perlu kerja sama dari Matsudaira, pemimpin Aoi Kikan. Sebelum mengizinkan Haru dan Mana, Matsudaira mengajak mereka lebih mengenal situasi di Distrik 13. Ternyata, pemerintah melarang orang masuk Distrik 13 bukan hanya karena Yamata, tapi juga karena makhluk-makhluk aneh yang ada di dalamnya! Apa yang sebenarnya terjadi di Distrik 13!?