Virus mematikan menyerang manusia hingga berubah menjadi monster yang disebut Kanshu. Hanya organisasi FLAG yang tahu tentang hal ini dan mereka berusaha mencari sumber virus tersebut. Anggota organisasi ini memiliki kekuatan khusus sehingga hanya mereka yang dapat mengalahkan Kanshu. 

 

Suatu hari, pesan yang diterima Riku Amami dari Amane yang telah meninggal, justru membawanya dalam konflik antara FLAG dan Kanshu. Anak kecil yang lahir dari kepompong pun kemudian mengubah hidupnya..