Pleton Keroro yang tiba di Kyoto dengan ikut menumpang acara studi tur berhasil menyelematkan Natsumi yang diculik Tairen, mantan sekelompok ninja yang telah melepaskan diri dari Agen Ninja. Apakah ini akan menjadi tantangan berikutnya bagi Keroro yang sudah kembali ke keluarga Hinata dengan damai!?