" Makoto yang berlatih sebagai penyihir mendapat seorang junior yang manis. Tapi masih ada juga penyihir lainnya yang tinggal di dekat mereka. Kali ini Makoto dan Chinatsu akan menemui mereka. Flying Witch 3 diisikan dengan Makoto yang mulai meluangkan wkatunya dengan mencoba bertemu dengan karakter dengan maksud untuk memperkuat dirinya sebagai seorang penyihir.