BoBoiBoy dan teman-teman sudah lama tidak menjadi pahlawan super. Tugas pun akhirnya datang setelah Cici Ko kembali ke Bumi setelah dikejar Perompak Angkasa. Perompak Angkasa sendiri bertugas merebut seluruh bola kuasa yang dimiliki di seluruh galaksi. Cici Ko pun kemudian menawari BoBoiBoy dan teman-teman untuk menjadi anggota TAPOPS (Tracker and Protector of Powers Spheras; Pelacak dan Penjaga Bola Kuasa) yang bertugas melacak dan menjaga agar bola kuasa tidak disalahgunakan orang jahat. Sementara itu, Perompak Angkasa tidak ingin menyerah. Saat itulah BoBoiBoy dan teman-teman mulai menjelajah Galaxy untuk melindungi Sfera Kuasa.