WikiLeaks membeberkan, Kedutaan Besar AS di Jakarta dan Konsulat di Surabaya, tak luput dari pencurian dokumen dan kawat diplomatik. Ada 3.059 dokumen dari Jakarta dan 167 dari Surabaya, dan yang berkategori bukan rahasia ada 1.510 buah, kategori konfidential 1.451 buah, dan kategori secret ada 98 buah. Pada 7 Februari 2009, WikiLeaks merilis 6.780 laporan Layanan Riset Kongres AS (Congressional Research Service), beberapa di antaranya tentang hubungan AS-Indonesia. Buku tulisan Hendri F. Isnaeni, wartawan Majalah Historia Online, ini menjelaskan hal itu di antaranya: • Bantuan Dana AS untuk Pelatihan Antiterorisme. • Pembunuhan Munir: "siap, laksanakan... sudah selesai." • Gerakan Aceh Merdeka: AS tak mendukung Aceh merdeka. • Papua: Freeport, militer, dan Papua merdeka. • Pemilu 2004: jika Wiranto Presiden, hubungan AS-Indonesia rumit. • Public Diplomacy 2.0: AS menggunakan Facebooker dan Blogger untuk menyebarkan pengaruhnya. • Krisis Timor Timur: AS menekan Indonesia untuk terima pasukan perdamaian PBB. • JCET, HAM dan Kopassus: kontroversi melatih pasukan pelanggar HAM . • Hubungan AS-Militer Indonesia: demi akses ke perairan Indonesia dan peran politik TNI. • Hubungan ekonomi AS-Indonesia; AS ingin jadi mitra dagang nomor 1 Indonesia.