Setelah insiden dengan Cartaphilus, kehidupan Chise mulai tenang kembali. Chise dan Elias pun memutuskan untuk bergabung ke dalam “Akademi”, oganisasi kerja sama para Alkemis... Manusia belajar, berpikir, dan berkembang... Lalu, apa yang akan terjadi pada makhluk yang bukan manusia? Inilah kisah Chise, Elias, dan kawa-kawan dalam babak kehidupan yang baru!