Akuaponik yang merupakan gabungan antara pemeliharaan ikan dan sayuran ternyata memberikan keuntungan ganda bagi para peternak ikan. Pertama, keuntungan finansial yang jauh lebih besar dengan adanya panen gabungan antara ikan dan sayuran. Keuntungan kedua, terjaminnya kualitas media pemeliharaan ikan sehingga dapat digunakan dengan perawatan yang lebih sederhana dan murah. Pemeliharaan ikan di kolam ukuran kecil umumnya dibatasi oleh ketersediaan air yang digunakan. Sering kali kualitas air menjadi jelek dengan cepat, terlebih jika menggunakan pakan buatan. Dalam sistem akuaponik, air kolam yang telah digunakan oleh ikan akan disaring atau difilter oleh tanaman terlebih dahulu sebelum digunakan kembali sehingga kualitas air relatif dapat dipertahankan seperti sedia kala.