Kenshin,saito,dan sanosuke berhasil mencegah rencana shishio membakar kyoto dan menghancurleburkan tokyo. Shishio yang sudah kalah menantang kenshin untuk bertarung di sarangnya. Kenshin pun menerima tentangan itu. Di saat bersamaan,sanosuke si pembuat onar barus beradapan dengan gurunya sendiri, seorang pendeta mangkir bernama Anji yang mendapat gelar Myoo. Dan, ia berhasil melumpuhakan Anji dengna jurus 'sanju no kiwami' yang dia kembangakan sendiri.