Dalam perjalanannya, di samping menimbulkan kesejahteraan, mekanisme pasar yang disokong oleh aliran klasik/neoklasik telah menciptakan ‘polusi’ yang tidak sedap bagi negara-negara yang mempraktekkannya. Celakanya, polusi tersebut bukan sekadar terjadi akibat negara tersebut salah dalam mengerjakan kebijakan yang direkomendasikan, melainkan dalam pemikiran klasik/neoklasik memang tersimpan cacat filosofis dalam wujud asumsi-asumsi yang melatarinya. Tepat pada titik inilah ekonomi kelembagaan masuk untuk mewartakan bahwa kegiatan ekonomi sangat dipengaruhi oleh tata letak antarpelaku ekonomi (teori ekonomi politik), desain aturan main (teori ekonomi biaya transaksi), informasi yang tidak setara (teori informasi asimetris), norma dan keyakinan suatu individu/komunitas (teori modal sosial), insentif untuk melakukan kolaborasi (teori tindakan kolektif), model kesepakatan yang dibikin (teori kontrak), pilihan atas kepemilikan aset fisik maupun non-fisik (teori hak kepemilikan), dan lain-lain. Intinya, selalu ada insentif bagi individu untuk berperilaku menyimpang sehingga sistem ekonomi tidak bisa dibiarkan berjalan hanya dipandu oleh mekanisme pasar.

Dalam hal ini diperlukan kelembagaan non-pasar (non-market institution) untuk melindungi agar pasar tidak terjebak dalam kegagalan yang tidak berujung, yakni dengan jalan mendesain aturan main/kelembagaan (institutions). Pada level makro (institutional environment), kelembagaan tersebut berisi seperangkat aturan politik, sosial, dan legal yang memapankan kegiatan produksi, pertukaran, dan distribusi. Sedangkan pada level mikro (institutions of governance),  kelembagaan berkutat dengan masalah tata kelola aturan main agar pertukaran antarunit ekonomi bisa berlangsung, baik lewat cara kerjasama maupun kompetisi.