Kasus Munir dimulai pada 7 September 2004, ketika lelaki 38 tahun itu meninggal, dan hingga kini masih menyisakan banyak pertanyaan. Bagaimana sebenarnya Munir dibunuh? Siapa pelakunya? Mengapa? Bagaimana penegak hukum bekerja? Masyarakat pernah akrab dengan wajah Pollycarpus dan Muchdi Pr. saat keduanya berstatus terdakwa. Kini, Polly telah menjadi terpidana penjara 20 tahun, tapi bersikeras bahwa dirinya difitnah dan akan melanjutkan upaya hukum. Muchdi divonis bebas oleh Pengadilan Negeri, tapi jaksa melakukan kasasi terhadap putusan itu. Dengan penuturan yang mendalam, Kasus Pembunuhan Munir menceritakan penerbangan panjang Munir menuju Belanda, perjuangan jaksa dan pengacara di pengadilan, wawancara dengan Polly di LP Cipinang dan Sukamiskin, serta pendapat orang-orang yang terlibat atau peduli dengan kasus ini.