Homura pernah menjual jiwanya untuk menyelamatkan Madoka. Kini, baginya jatuh dalam keputus asaan pun bukan apa-apa selama dia bisa menjauhkan Madoka dari genggaman Incubator. Lalu, manakah yang akhirnya akan dia dapatkan, bertemu dengan cahaya penyelamatannya, atau tenggelam selamanya dalam keputusasaan ? Mungkin juga, bukan keduanya. ...

Tiap malam, para gadis yang ajaib melindungi Mitakihara dari Nightmare, makhluk perwujudan mimpi buruk. Dengan bergabungnya Homura, kini kelompok mereka menjadi lima orang. Meski lawan juga semakin kuat, tapi hari-hari penuh kebersamaan ini sangatlah menyenangkan. Ada yang salah dengan itu. ...

Penyihir Miki Sayaka menyadarkan para Puella Magi atas takdir yang menanti mereka. Mami, Kyouko menanggapinya dengan berbeda. Lalu Madoka yang masih menyimpan permohonannya.... ...

Waktu berlalu sejak Mami dan Kyouko berpisah saat ini, Mami sudah punya murid baru yaitu Sayaka. Perbedaan pandangan Puella Magi muda yang idealis dan seniornya yang telah merasakan akibat dari suatu permohonan menjadi jalan untuk takdir gelap mereka yang menjual jiwanya. ...

Ada seorang gadis penyihir yang hebat. Tapi yang dia inginkan bukanlah sekedar mengalahkan penyihir. Teman seperjuangan, sesuatu yang belum pernah dia miliki, itulah keinginannya yang tidak terkabul. Kemudian dia bertemu seorang lagi gadis penyihir baru yang ingin menjadi muridnya. Kisah Madoka Magica kali ini dimulai dari saat ketika Mami dan Kyouko pertama kali bertemu. ...

Apa sebenarnya para penyihir itu ? Bagaimanakah sistem yang mendasari para Puella Magi ? Siapakah Homura ? Jawaban datang bertubi-tubi pada Madoka seiring dengan semakin dekatnya kedatangan malam para penyihir. Akankah Madoka menyerah pada takdirnya, meski itu akan menghancurkan dunia. ...