Pertandingan babak final Battle City segera dimulai! Delapan peserta berkumpul di tempat yang hanya diketahui oleh para peserta yang lolos babak penyisihan! Di antara mereka, hadir Malik yang menyembunyikan identitasnya, serta Ryo yang memiliki kehendak kegelapan! Dalam pertandingan pertama, Yugi harus menghadapi occilt deck milik Ryo. Sementara Jounouchi harus menunjukkan tekadnya di depan Shizuka, dengan menantang Rishid yang mengaku sebagai Malik! Bagaimana startegi Yugi dan Jounouchi menghadapi lawan-lawan mereka?