Berbagai macam siswa berkumpul di “Akademi”. Anak-anak yang tidak saling mengenal menjalani hidup sehari-hari di bawah satu atap dan belajar mengenai Alkimia juga ilmu lainnya. Chise pun belajar untuk berhubungan dengan mereka dengan caranya sendiri. Hari-hari damai yang berbeda dengan biasanya pun ia jalani bersama Elias . Di tengah kehidupannya yang berbeda itu, Chise mendengar sebuah rumor tentang Lucy…