Suatu hari Hajime Saito, seorang polisi mantan anggota gerakan Kelompok Shinsen yang kini berganti nama menjadi Goro Fujita, datang menantang Kenshin. Namun, sebenarnya dia hendak mengukur kekuatan Kenshin atas perintah menteri dalam negeri, Toshimichi Okubo. Akan tetapi, setelah tugas itu selesai Menteri Okubo dibunuh. Peristiwa ini membuat Kenshin bertekad untuk segera pergi ke Kyoto mencari Shishio si Pembunuh Menteri... ...

Kenshin Himura yang bergelar `Battosai si Pembantai` dalam pengembaraaannya berhasil menangkap dua orang penjahat bersaudara bernama Hiruma (Battosai palsu) yang ingin merebut tanah tempat dojo Kaoru Kamiya.   Hiruma bersaudara kemudian meminta tolong pada seorang petarung bernama Sanosuke Sagara untuk mengalahkan Kenshin dan merebut tanah Kaoru. Sanosuke menerima tawaran itu karena ia benci ksatria Meiji seperti Kenshin. Dan, pertarungan antara Kenshin dan Sanosuke pun dimulai... ...

Kazuki dan Gouta akhirnya bertemu kembali dengan Tokiko di kuburan orang asing. Tetapi, yang menanti mereka di sana adalah sergapan assasination team! Tak ada jalan selain bertarung!!, Tokiko dan Gouta melawan Maruyama, Negoro dan Capitan Bravo!! ...