"Akhirnya Battle City dimulai! Namun, Rare Card Jounouchi dirampas oleh organisasi kegelapan Ghouls pada malam menjelang pertandingan dimulai. Yugi pun mencari dan menantang para Rare Hunter demi mendapatkan kembali kartu Red Eyes Black Dragon yang sangat berharga bagi Jounouchi. Masalahnya, dia harus menghadapi deck Exodia! Setelah itu, Yugi pun harus menghadapi Penyihir Pandora, dengan mempertaruhkan gelar dari itu, karena yang kalah pun berarti akan mati!!" ...

Duel pertukaran antara pelajar Jepang dan Amerika semakin sengit!! Judai menerima tantangan Fubuki tapi di tengah situasi kritis, dia merasakan efek Duel Kegelapan yang sangat menyakitkan!! Apakah tujuan sesosok pria yang jadi pengendali kegelapan!? Lalu, Judai pun menuju Final Duel yang membara!! Inilah volume terakhir yang mendebarkan!! ...

Duel pertama dengan Deck baru, M-Hero! Judai melawan Ed dengan baik dan berhasil mendesaknya hingga kemenangan terpampang di depan matanya. Tapi, di akhir, dia terpaksa berhadapan dengan kecemerlangan seorang pro!? Lalu, untuk membuat perhitungan dengan takdir semasa junior, Ed menantang duel Fubuki!? ...

Duel Yagumo dan Ryoga membuka pintu ke dunia lain. Yuma dan kawan-kawan yang ikut terhisap akhirnya mengetahui rencana Yagumo yang hendak menghancurkan bumi dan dunia Astral di dalam black hole yang ada di sana. Untuk menghentikan Yagumo, Yuma, Kite, dan Ryoga akhirnya bersatu menantangnya!? ...

"Empat duelist datang dari Amerika! Fubuki terlihat santai saat menghadapi Crocodile yang menantangnya duel!? Di tengah bayangan hitam misterius yang mengincar kartu roh milik Judai dan Manjome yang bergerak di belakang layar, Tag Duel antara pelajar pertukaran pun dimulai!!" ...

Sebuah toko game baru, Black Clown, dibuka di kota Domino. Karena sangat menarik, Yugi dan kawan-kawan memutuskan untuk ikut mengantri guna mendapatkan game baru D.D.D. Namun, ada hal yang tak diketahui Yugi, bahwa pemilik Black Clown adalah ayah Ryuji Otogi, siswa baru di kelas Yugi, yang memiliki ambisi sangat besar untuk mengalahkan Yugi dan meraih predikat sebagai pemilik Millennium Puzzle yang baru! Sementara itu, Kaiba menemukan sebuah kenyataan mengejutkan terkait 'masa lalu' dia ...

Yuma terpaksa berduel di stadium karena muslihat Yagumo. Lawannya adalah Kite yang diancam Yagumo dengan meyandera adiknya, Haruto. Keduanya harus berhadapan sebagai musuh. Di sisi lain, di stadium yang berbeda, Yagumo dan Shark juga memulai duel yang sudah ditakdirkan!?   ...

Duel melawan Kaiser Ryo yang telah dinantikan! Manjome menguasai Duel setelah memanggil Light and Darkness Dragon yang merupakan kartu terkuatnya!! Tapi, Kaiser yang dilawannya malah tampak santai!? Sementara itu, untuk menolong Hibiki, Judai memulai duel kegelapan melawan Mackenzie!! ...

Kite dan Ryoga tertangkap oleh jebakan Shadow. Untuk menyelamatkan mereka berdua, Yuma menantang duel pada Shadow dengan aturan khusus. Yuma menghadapi pertarugan berat di mana dia harus membagi life point-nya sendiri untuk mereka berdua agar tetap hidup. Akan tetapi, kekuatannya mempercayai orang melahirkan kekuatan baru!! ...

Yugi dan Jounouchi sama-sama berhasil menang dari lawan-lawannya. Kini, tinggal satu langkah lagi menuju kejayaan! Selanjutnya, Yugi maju menantang Pegasus untuk meneruskan tekad teman-temannya. Panggung pertarungan terakhir pun dibuka!! Masalahnya, mampukah Yugi mengatasi Pegasus yang mengandalkan kekuatan Millenniun Eye-nya? Terbukti bahwa Millennium Eye selalu mampu menembus pikiran setiap lawannya dengan mind scan. Apa strategi Yugi untuk mengatasi itu? ...

"Yugi memilih untuk kalah dalam duel saat Kaiba mempertaruhkan nyawanya. Akibatnya, Yugi terancam kehilangan hak mengikuti pertandingan final. Di saat kritis, Mai datang dan mengembalikan star chip yang pernah ia pinjam dari Yugi. Tapi, ternyata mereka ditakdirkan harus berhadapan dalam pertandingan final pertama: Yugi vs Mai! Karena terburu-buru ingin menang untuk melawan Pegasus, Yugi malah terdesak oleh permainan Mai! Dan kini, nasibnya berada di ujung tanduk!" ...

Kite bermaksud menyembunyikan Haruto agar tidak terlibat perang besar Numbers, tapi Yagumo merebut Haruto dan mengutus pembunuh menghadangnya! Yuma juga bergegas menuju tempat itu, tapi Kite tak berdaya... Apa ada sesuatu yang dapat Kite lakukan!? ...

Yugi sudah mengumpulkan 6 star chip, sedangkan Jounouchi 4 star chip. Saat itulah Jounouchi diculik dan dibawa ke field kuburan oleh komplotan Bandit Keith. Jounouchi harus berjuang untuk bertahan hidup dan mengatasi rasa takutnya… Dengan tekad dan keberuntungan, ia berhasil! Tapi, mereka kemudian terjebak dalam penjara bawah tanah dan harus menghadapi Player Killer yang licik, Meikyu Brothers. Jika kalah, bukan hanya mereka kehilangan star chip, tapi juga akan terkurung selamanya di ...

Akhirnya pertandingan final Judai VS Manjome. Arena memanas dalam duel kedua orang yang sama-sama tidak menerima kekalahan ini!! Siapa yang akhirnya jadi pemenangnya!? Di sisi lain, siswi pertukaran Mac mengajukan duel kegelapan dengan syarat memberitahukan rahasia membangunkan adiknya, Koyo, pada Hibiki!? ...

Pertandingan di Duelist Kingdom penuh intrik dan gejolak! Yugi dan Jounouchi berjuang bahu membahu mengatasi para penduel lainnya, yang melakukan semua usaha untuk berlomba mendapatkan 10 star chip lebih dulu. Bahkan tak hanya itu, ternyata ada juga kumpulan Player Killer tangguh yang ditugaskan Pegasus khusus untuk mengambil star chip dari para penduel, terutama dari Yugi! Tapi, di tengah kabut kegelapan, mereka menemukan beberapa sahabat baru... ...

Runa, seorang gadis misterius muncul di depan Ryoga! Ryoga yang tiba-tiba ditantang duel olehnya, berhasil menang dan mendapat kekuatan baru. Di sisi lain, Yuma dan kawan-kawannya harus menghentikan ambisi Dr.Faker, klub pengumpul Numbers dimulai secara formal, tapi...!? ...

Di semifinal, Judai berjuang matimatian setelah Fusion Summon-nya dicegah Misawa. Di sisi lain, Davidyang mengincar kartu roh berhadapan dengan Manjome dan memulai Duel Kegelapan. Manjome melakukanserangan balik meski mendapat Damage dalam pertarungan antarjiwa. Bagaimana akhir pertandingan ini!? ...

Yuma dan Astral mengumpulkan Numbers untuk menyelinap masuk ke Heartland, menghadapi pembunuh Thunder Spark! Strategi dua orang pemain dalam Speed Duel di mana pemain yang memimpin itu akan menguntungkan partnernya... ...

Turnamen duel yang memperebutkan hak untuk menantang Kaiser Ryo pun dimulai. Judai dan teman-temannya mengikutinya dengan bersemangat. Tujuan mereka babak Final!! Di sisi lain, murid pertukaran dari Amerika, Rabb dan Mac mengikuti turnamen untuk mencari roh yang bersemayam di kartu!? ...

Saat kalah dalam duel melawan pegasus, pencipta magic & wizard, Yugi harus kehilangan roh kakeknya. Untuk menolong sang kakek, Yugi dan teman-teman berangkat menuju Duelist of Kingdom untuk mengikuti turnamen yang diadakan pegasus. Dalam turnamen ini, setiap duelist bertarung demi star chip, yang juga menjadi 'nyawa' mereka. Yugi dan Jounouchi berjuang sungguh-sungguh agar bisa menambah star chip mereka dan meraih tiket untuk mencapai istana pegasus. Tapi,itu sama sekali bukan perjalanan ...