Pertandingan keempat Battle City. Kaiba lawan Isis, wanita misterius pemilik Millennium Tauk! Isis yang melihat masa depan dengan kekuatan Millennium Tauk, mengumumkan kekalahan Kaiba di awalduel! Dapatkah Kaiba merubah masa depan!? ...

Akhirnya kepribadian kegelapan Malik terlepas! Pertandingan ketiga adalah duel kegelapan yang bisa membuat player merasakan langsung damaga monster! Walaupun menahan sakit, Mai berhasil merebut kartu dewa!! Tetapi.. ...

Pertandingan final Battle City segera dimulai! Delapan peserta berkumpul di tempat yang hanya diketahui oleh peserta yang lolos babak penyisihan! Di antara mereka hadir Malik yang menyembunyikan identitasnya serta Ryo yang memiliki sifat kegelapan!! ...

Pertandingan final pertama Battle City! Yugi dihadang perjalanannya dengan Occult Combo milik Ryo yang dikuasai oleh kepribadian kegelapan! Dapatkah Yugi menarik kartu dewa dalam satu putaran yang tersisa? ...

Death match antara Yugi vs Jounouchi yang diatur Malik, merupakan duel kejam. Sebab setelah usai pertandingan, salah satu dari mereka akan meninggal! Walaupun harus melukainya, Yugi bertekad untuk mengembalikan ingatan Jounouchi!! ...

Sebelum Jounouchi berduel dengan Yugi, ia berhadapan dengan lawan tangguh, Ryota. Tapi, harapannya itu diambang kegagalan. Sementara itu, Yugi dan Kaiba bersatu melawan pembunuh Ghouls dalam "Tag Battle Ledakan Ranjau Kematian"! ...

Akhirnya Millenium Battle Yugi vs Malik dimulai!! Deck dewa Malik yang memiliki rare card ilusi "Naga Langit Osiris" menyerang Yugi tanpa ampun! Bagaimana nasib Yugi melawan Osiris yang memiliki kekuatan tak terbatas.!? ...

Yugi bertarung melawan anggota Ghouls, Penyihir Pandora, dengan mempertaruhkan gelar Master of Magician. Ternyata, pertarungan itu menjadi duel kejam di mana kalah berarti mati! Kemarahan Yugi meledak dalam duel dengan Pandora yang licik itu! ...

Akhirnya Battle City dimulai!! Akan tetapi, Rare Card Jounouchi dirampas oleh organisasi kegelapan Ghouls pada malam menjelang pertandingan. Yugi pun menantang Rare Hunter, demi mendapatkan kartu yang berharga itu kembali!! Strategi apakah yang akan digunakan Yugi untuk melawan deck Exodia!? ...

Turnamen duel M&W dilangsungkan di kota Domino! Para duelist yang dilengkapi duel disk terbaru ciptaan Kaiba Corporation, berkumpul di kota Domino!! Mulailah pertarungan baru Yugi untuk mengembalikan ingatan yang hilang! ...

Sebuah toko game baru dibuka di kota Domino, tempat Yugi tinggal! Yugi dan teman-teman pergi ke sana untuk membeli original game D.D.D, tapi di sana Yugi harus bertanding dengan Ryuji Otogi, sang pencipta game D.D.D! Bagaimanakah nasib Yugi yang tak berdaya dalam game yang baru kali ini dimainkannya!? ...

Yugi dan Jounouchi berhasil menang. Akan tetapi, Yugi yang menantang Pegasus demi meneruskan tekad temannya dan panggung pertempuran terakhir pun dibuka!! Berhasilkah Yugi yang mengalami kesulitan, mengalahkan kekuatan Millenium Eye? ...

Akhirnya pertandingan final tiba!! Dalam pertandingan pertama, Yugi berhadapan dengan Mai. Akan tetapi, Yugi terlalu terburu-buru ingin menang karena dalam kepalanya hanya ada pertarungan dengan Pegasus. Akibatnya dia terjebak perangkap Mai. Bagaimanakah nasib Yugi yang terdesak, karena menerima tantangan Mai!? ...

Yugi memilih kalah dalam duel yang akan berakibat kematian Kaiba. Di tengah keputuasaan tak bisa maju ke pertandingan final karena setengah star chipnya direbut, Mai yang berhasil mencapai final memberikan 6 star chip pada Yugi untuk membalas budi! ...

Yugi dan Jounouchi berhasil menerobos dungeon bawah tanah. Mereka mendapatkan 10 star chip yang dipersyaratkan dan menuju benteng Pegasus. Tetapi, di depan benteng telah menunggu lawan bebuyutan mereka yaitu Kaiba!! Yugi yang menerima tantangan duel dengan Kaiba, dan melakukan duel di Duel Disc New Hard! ! ...

Pada saat star chip sudah terkumpul 10 dari milik Yugi 4 buah dan Jounouchi 6 buah, Jounouchi berhasil mengalahkan Bandit Keith, si pemburu hadiah yang terkenal di Amerika. Jounouchi di bawa ke dungeon bawah tanah, dan dengan penuh keyakinan Jounouchi menantang Bandit Keith berduel! ...

Pertandingan di Duelist of Kingdom penuh gejolak! Supaya bisa membongkar kekuatan besar, Yugi dan Jounouchi dengan bersungguh-sungguh menambah bintang. Akan tetapi, di tempat itu ada pemuda misterius yang menantang Yugi bertanding! Siapakah pemuda itu? ...

Yugi ditantang duel oleh Pegasus si penemu Magic & Wizard. Setelah Yugi mengalami kekalahan dalam permainan itu, roh kakeknya diculik. Untuk menolong kakeknya, Yugi dan teman-teman naik kapal "Duelist of Kingdom" yang dikelola oleh Pegasus. ...