Sebuah toko game baru dibuka di kota Domino, tempat Yugi tinggal! Yugi dan teman-teman pergi ke sana untuk membeli original game D.D.D, tapi di sana Yugi harus bertanding dengan Ryuji Otogi, sang pencipta game D.D.D! Bagaimanakah nasib Yugi yang tak berdaya dalam game yang baru kali ini dimainkannya!?
Duelist Kingdom telah usai, namun pertempuran baru menanti Yugi. Sebuah toko game baru muncul di depan toko game milik Yugi. Yugi dan kawan-kawan yang penasaran datang ke toko itu. D.D.D., itulah nama game baru yang dirilis dan tak bisa ditemukan di tempat lain. Namun seorang badut pemilik toko itu membuat Yugi harus merasakan permainan ini. Lawan tandingnya sendiri adalah teman sekelasnya, Ryuji Otogi, yang juga adalah pencipta game ini. Sayangnya lagi, Millenium Puzzle disita! Bagaimanakah nasib Yugi yang bermain game ini tanpa bantuan Yami? Dan, apa maksud Bakura dengan raja yang dimaksudnya?