Ketika bertarung melawan shishio,pedang 'sakabato' milik kenshin patah,kenshin pun lalu mencari si pembuat pedang bermata terbalik itu. Teryata sang empu telah meninggal dunia,namun dia masih menyimpan satu pedang yang dirawat anaknya,seiku. Akan tetapi, seiku tak bersedia melepaskan pedang tersebut pada siapa pun. Kenshin pun hendak meninggalkan rumah seiku,namun terjadi keributan... ...

Kenshin berjalan kaki menuju Kyoto dalam mencari Shishio, melalui Tokkaido. Ia pun tiba di Desa Shingetsu, yang ternyata sedang dikuasai Shishio dan anak buahnya. Lalu, seorang anak kecil menjerit melihat ayah-ibunya digantung di atas pohon di tengah desa. Jeritan itu terdengar oleh anak buah Shishio sehingga mereka datang ke tempat itu. Kenshin pun menghadapi mereka dalam satu gebrakan mencengangkan penduduk desa yang menyaksikannya? ...

Di desa Shingetsu, Kenshin akhirnya berhadapan dengan Makoto Shishio. Namun, Shishio menolak bertarung dengannya dengan alasan Kenshin jiwanya belum kembali menjadi ?Battosai Si Pembantai?. Kemudian, Shishio malah menyuruh asistennya, Sojiro, untuk menghadapi Kenshin. Ketika itulah pedang ?sakabato? milik Kenshin patah? ...

Raijuta berniat membangkitkan kembali aliran ?shinko?. Untuk itu, dia berpura-pura bersikap baik dan mengangkat murid putra saudagar kaya bernama Yutaro. Yutaro yang begitu mengidolakan sang guru tidak menyadari niat jahat gurunya. Suatu hari, guru yang diidolakannya itu malah melukainya tanpa mempedulikan nyawanya. Selamatkah Yutaro dari tebasan pedang Raijuta?!? ...

Suatu hari Hajime Saito, seorang polisi mantan anggota gerakan Kelompok Shinsen yang kini berganti nama menjadi Goro Fujita, datang menantang Kenshin. Namun, sebenarnya dia hendak mengukur kekuatan Kenshin atas perintah menteri dalam negeri, Toshimichi Okubo. Akan tetapi, setelah tugas itu selesai Menteri Okubo dibunuh. Peristiwa ini membuat Kenshin bertekad untuk segera pergi ke Kyoto mencari Shishio si Pembunuh Menteri... ...

Kenshin Himura yang bergelar `Battosai si Pembantai` dalam pengembaraaannya berhasil menangkap dua orang penjahat bersaudara bernama Hiruma (Battosai palsu) yang ingin merebut tanah tempat dojo Kaoru Kamiya.   Hiruma bersaudara kemudian meminta tolong pada seorang petarung bernama Sanosuke Sagara untuk mengalahkan Kenshin dan merebut tanah Kaoru. Sanosuke menerima tawaran itu karena ia benci ksatria Meiji seperti Kenshin. Dan, pertarungan antara Kenshin dan Sanosuke pun dimulai... ...

Kazuki dan Gouta akhirnya bertemu kembali dengan Tokiko di kuburan orang asing. Tetapi, yang menanti mereka di sana adalah sergapan assasination team! Tak ada jalan selain bertarung!!, Tokiko dan Gouta melawan Maruyama, Negoro dan Capitan Bravo!! ...

Suatu hari Hajime Saito, seorang polisi mantan anggota gerakan Kelompok Shinsen yang kini berganti nama menjadi Goro Fujita, datang menantang Kenshin. Namun, sebenarnya dia hendak mengukur kekuatan Kenshin atas perintah menteri dalam negeri, Toshimichi Okubo. Akan tetapi, setelah tugas itu selesai Menteri Okubo dibunuh. Peristiwa ini membuat Kenshin bertekad untuk segera pergi ke Kyoto mencari Shishio si Pembunuh Menteri... ...

Ketika bertarung melawan shishio,pedang 'sakabato' milik kenshin patah,kenshin pun lalu mencari si pembuat pedang bermata terbalik itu. Teryata sang empu telah meninggal dunia,namun dia masih menyimpan satu pedang yang dirawat anaknya,seiku. Akan tetapi, seiku tak bersedia melepaskan pedang tersebut pada siapa pun. Kenshin pun hendak meninggalkan rumah seiku,namun terjadi keributan... ...

Kenshin,saito,dan sanosuke berhasil mencegah rencana shishio membakar kyoto dan menghancurleburkan tokyo. Shishio yang sudah kalah menantang kenshin untuk bertarung di sarangnya. Kenshin pun menerima tentangan itu. Di saat bersamaan,sanosuke si pembuat onar barus beradapan dengan gurunya sendiri, seorang pendeta mangkir bernama Anji yang mendapat gelar Myoo. Dan, ia berhasil melumpuhakan Anji dengna jurus 'sanju no kiwami' yang dia kembangakan sendiri. ...

Istri Keshin, Tomoe Yukishiro, tadinya berniat membunuh kenshin. Namun, keduanya malah saling jatuh cinta. Tomoe yang menjadi satu-satunya kelemahan Kenshin diculik kelompok itu untuk dijadikan sandera agar kenshin datang ke hutan tertutup. Kenshin berhasil mematahkan perlawanan musuhnya satu persatu hingga tiba di tempat Tomoe ditawan. Di sana, ada satu musuh lagi yang harus dia jatuhkan, yaitu pemimpin kelompok Yaminohu... ...

Pertarungan terbagi tiga, Kenshin melawan Gein dengan boneka Sango Iwanbo-nya yang dia modifikasi, Sanosuke melawan Banjin, dan Yahiko melawan Otowa! Dengan jurus Amakakeru Ryuno Hirameki milik Kenshin dan Futaeno Kiwami milik Sanosuke, Sango Iwanbo dan Banjin berhasil diatasi. Sementara, Yahiko di tengah pertarungan hidup mati yang pelik mampu mengeluarkan Ogi ari Kamiyakasshin yang bernama "Hawatari", dan berhasil mengalahkan Otowa... ...

Aoshi Shinomori berhasil mengalahkan Gein. Gein pun pemberitahukan tempat persembunyian Enishi yang sedang menyandera Kaoru. Pada saat Aoshi dan saito Hajime akan menyerbu markas Enishi yang ditawan di penjara kepolisian, Hyogo Kujiranami, melarikan diri. Lalu, Tsubame berlari ke kampung Orang Terbuang untuk minta bantuan Kenshin. Keshin pun sadar dan segera bangkit untuk menolong. Di lain pihak, Sanosuke yang tidak tabu bahwa kenshin sudah mulai bangkit, dengan hati penuh amarah, pergi ke ...