Yoshimori Sumimura dan Tokine Yukimura lahir sebagai penerus keluarga kekkaishi yang sudah turun-temurun selama 400 tahun. Keduanya yang bertetangga dan berteman sejak kecil melewatkan hari dengan pertengkaran dan pembasmian siluman di tanah Karasumori yang misterius yang mampu memanggil kawanan siluman? Kisah pertempuran tentang kekkai siluman yang mendebarkan!! ...

Kokuboro, organisasi siluman misterius mengincar Karasumori! Di suatu siang, para pembunuh mereka menyelinap ke sekolah Karasumori dan dimulailah pertempuran maut antara Yoshimori, Tokine, dan Gen melawan mereka! Di sisi lain, Masamori telah naik pangkat jadi anggota Komite 12, dewan pimpinan tertinggi Urakai. Inilah jilid 7 yang mengisahkan duel Sumimura bersaudara melawan para siluman!! ...

Duel pamungkas dengan empat pembunuh pimpinan Kaguro dari Kokuboro! Lalu, bagaimana dengan nasib Gen Shishio yang telah melanggar aturan Urakai!? Inilah jilid 8 kisah pertempuran antara siluman dengan kekkaishi yang juga memuat serial `4 tahun lalu` yang mengisahkan masa lalu Gen yang menyedihkan!! ...

Yoshimori bersedia dibawa ke Kokuboro demi mengalahkan Kaguro yang sudah membunuh Shishio. Saat Yoshimori diikat dan tak bisa bergerak, muncullah Heisuke Matsudo, si pemuja dunia lain yang mestinya sudah mati! Ternyata dia juga sedang mengincar seorang musuh di sana. Duel tak terduga di benteng besar Kurosusuki pun dimulai!!! Inilah jilid 12, kisah pertempuran siluman melawan kekkaishi yang penuh kejutan dan belum pernah terjadi sebelumnya!! ...

Dunia Kokuboro pelan-pelan hancur... Padahal di dalam sana terjadi pertarungan pamungkas antara Yoshimori dan Kaguro!! Zekkai, kemampuan baru Yoshimori, berhasil menghentikan serangan Kaguro!! Sayangnya, Yoshimori belum sanggup menaklukkannya... Saat pertahanan Yoshimori nyaris hancur, muncul tangan penolong tak terduga!? Inilah jilid 13 yang mengharukan dengan kemunculan semua karakter yang menyaksikan saat-saat terakhir Kokuboro!! ...

Takeshi Kongo, seorang fumashi datang ke Karasumori!! Tujuannya untuk menyegel Jaren, roh jahat yang telah membunuh gurunya!! Tapi, paku kontrak yang dipasang di Jaren berjatuhan gara-gara kekuatan Karasumori membuatnya makin kuat!? Yoshimori dan Tokine menyelamatkan Kongo, lalu sama-sama melawan Jaren. Tapi masih ada rahasia menakutkan dari si roh jahat!? Inilah jilid ke-14 komik yang juga mengisahkan tentang duel Yoshimori! ...

Rapat Komite 12, dewan tertinggi Urakai, menyepakati bahwa akan ada penyelidikan di Karasumori! Okuni, anggota kesembilan Komite 12 akan datang ke Karasumori!? Di saat penting itu, Markas Yagyou kedatangan kotak hitam dan menelan Misao, seorang gadis pemilik kemampuan gaib!? Di saat yang sama, kotak hitam yang sama hadir di depan Yoshimori di Karasumori!! Konspirasi jahat mulai beraksi Siluman terlarang mulai menggeliat ke luar Inilah jilid ke-15 komik yang pernah meraih Penghargaan ...

Pengguna kotak bernama Kurokabuto menyerang Karasumori dan membangkitkan siluman terlarang!! Dia siluman yang disegel karena sangat kuat dan berbahaya! Tubuhnya belum sempurna, tapi serangan Yoshimori tak ada yang mempan!! Tokine akan bertarung satu lawan satu dengan si pengguna kotak!? Ditambah lagi, Okuni yang belum diketahui kawan atau lawan ikut serta dalam pertarungan sampai akhirnya Kurokabuto bertubuh sempurna!? ...

Di bali kekacauan kupu-kupu hitam, ada peringatan tentang apa yang akan terjadi di Karasumori. Fakta apa yang disampaikan sang miko yang muncul di hadapan Yoshimori dkk!? Ditambah, Keluarga Sumimura makin shock ketika anggota unit investigasi spesialis di Urakai mendadak datang berkunjung! Kabarnya, hal itu terkait lenyapnya tanah dewa besar-besaran. Lantas, apa hubungannya dengan keluarga Sumimura? Konspirasi mulai bergerak di luar Karasumori yang kemudian melibatkan Yoshimori dkk. Cerita ...

Ohgi bersaudara berbicara jelek soal keluarga Sumimura. Sementara Yagyou mulai meningkatkan aktifitasnya yang apda akhirnya menimbulkan korban! Kehilangan temannya, kemarahan Masamori memuncak. Tujuan serangan kemarahannya Ichiro Ohgi! Masamori memutuskan untuk pergi sendiri ke kediaman Ohgi. Perselisihan antar ketua Urakai untuk pertama kalinya! Pertarungan heroik yang sengit tengah dimulai! ...

Pencurian tanah dewa yang terjadi di berbagai tempat mulai mendekati Karasumori! Ksitigarbha yang mencurigakan tahu-tahu jatuh dari langit! Yoshimori cs terganggu dengan penyusup misterius yang muncul di perguruan. Ada kemungkinan dia dewa tanah, tak bisa ditangani begitu saja. Tapi, mendadak si Ksitigarbha mengamuk! Kalau dibiarkan, sekolah akan tenggelam!? Bagaimana Yoshimori dan Tokine menanganinya? ...

Yang paling penting bagi pria adalah `kelembutan hati`! Apa yang akan dilakukan Yoshimori untuk merebut Tokine!? Daerah timur laut Shinyuuchi hancur! Dan mungkin karena itu, terjadi sesuatu yang aneh di Karasumori. Melihat keadaan itu, Urakai mengirim pasukan bala bantuan untuk menjaga Karasumori. Tapi, yang datang adalah seseorang yang membuat Yoshimori terkejut! Episode pertarungan siluman dimulai!! ...

Kemampuan tempur Souji Hiura yang dikirim dari markas besar Urakai memang unggul, tapi dia tak punya simpati dan tak bisa mengendalikan kekuatannya. Ditambah lagi, dia mirip pelaku pencurian tanah dewa yang pernah dilihat Yoshimori! Bisakah Yoshimori dan Hiura bekerja sama saat ada orang yang bermaksud mencuri Karasumori!? Lalu, apa arti `teriakan` Karasumori yang terdengar di dalam kepala Yoshimori? Kalau begini terus bisa gawat! Pertarungan siluman yang terkenal jilid 24! ...

Memasuki tahap terakhir latihannya, Yoshimori menargetkan kondisi `kekosongan batin tertinggi` yang akan memurnikan energinya. Di saat yang sama, Shichiro, calon kepala klan Ohgi yang berusia 17 tahun, membunuhi satu per satu siapa pun yang terkait Urakai. Siapa identitas asli `sang tokoh` yang memerintahkan penghancuran Urakai dan pembunuhan tersebut? Pelan-pelan seluruh kekuatan bergerak menuju panggung utama perburuan tanah Karasumori! ...

Yoshimori, dkk menyusup bersama ibunya ke dalam istana hitam yang muncul dari bawah tanah untuk menjemput Tuan Karasumori yang tersegel selama 400 tahun. Rombongan pun berkeliling mencari lokasi keberadaan sang tuan di dalam istana di mana makhluk-makhluk beraneka rupa berseliweran, tapi sekalipun ada pertanda kehadirannya, sosoknya tak ditemukan... Saat itu, Yoshimori mengambil tindakan tak terduga! Nasib para kekkaishi pun mulai berubah drastis... ...