Komik Jepang karangan Ark Performance yang berjudulkan Arpeggio of Blue Steel 3 ini menceritakan tentang Gunzou dan para awak I-401 yang berangkat ke Yokosuka untuk menerima tugas untuk mengantarkan Hulu Ledak Resonansi. Hulu Ledak Resonansi merupakan satu-satunya senjata milik manusia yang bisa melawan Armada Kabut. Akan tetapi, yang menanti Gunzou dan para awak I-401 di sana adalah pihak dari Pemerintah Jepang yang menentang rencana Hulu Ledak Resonansi tersebut. Para awak kru I-401 mendadak ditahan oleh Pemerintahan Jepang, namun pada saat itu muncullah sebuah kapal tempur Haruna dan Kirishima. Dikarenakan I-401 belum bisa melaut, maka kapal selam Hakugei II yang merupakan buah hasil dari teknologi Pemerintahan Jepanglah yang akhirnya pergi untuk menghadapi kedua kapal tempur Haruna dan Kirishima tersebut. Di dalam perairan yang dangkal tersebut, pertempuran di antara kapal tempur tersebut tidak bisa dihindarkan. Hakugei II harus melawan dua kapal tempur Haruna dan Kirishima. Tapi, bagaimana satu kapal tempur dengan persenjataan yang sangat terbatas bisa menghadapi dua kapal tempur yang dilengkapi dengan persenjataan berat? Padahal mereka harus melewati cobaan tersebut agar misi tetap bisa berjalan. Pertempuran di antara kapal tempur yang menegangkan tersebut kelak akan menggerakkan dunia, manusia, Armada Kabur, dan pihak lainnya. Bisakah I-401 tiba pada waktunya? Dan bagaimanakah hasil dari pertempuran Hakugei?