Terjadi ledakan di tempat akan diadakannya konferensi internasional. Untungnya tak ada korban jiwa dari pihak sipil dan semua akan dianggap selesai sebagai kecelakaan belaka. Namun, kejadian ini melibatkan Biro Keamanan Publik, bagian penuh rahasia di kepolisian. Kogoro yang tak bersalah tiba-tiba diseret sebagai tersangka dengan aneka bukti yang memberatkan. Conan akhirnya harus berjuang melawan waktu untuk membersihkan nama Kogoro, meski lawannya adalah organisasi yang penuh kerahasiaan dan tak segan mengambil langkah di luar hukum.