Rombongan Conan mengunjungi kuil Sannoji di Kyoto. Sebuah gambar misterius yang menunjukkan lokasi patung Buddha kuil yang dicuri dikirim ke kuil tersebut dan mereka ingin Kogoro Mouri memecahkan teka-teki gambarnya. Conan beranalisis bahwa Genjibotarulah yang mencuri patung Buddha tersebut. Genjibotaru adalah organisasi perampok terkenal yang mencuri patung-patung Buddha dan baru-baru ini lima anggotanya terbunuh. Conan yang langsung keluar untuk mengeksplorasi kota Kyoto bertemu dengan Heiji Hattori yang juga sedang menyelidiki kasus. Mereka kemudian mencari petunjuk bersama-sama. Tapi, di tengah proses penyelidikan, Heiji diserang pria misterius dan terluka… Kazuha juga diculik!!