Tiga tahun yang lalu terjadi kasus pembuangan mayat siswi SMU. Karena usia yang masih remaja, ketiga orang pelaku lolos dari hukuman berat. Tapi, perbuatan yang bengis itu tidak termaafkan. Berbagai macam hukuman yang sadis dijatuhkan pada mereka. Rasanya tak mungkin kalau yang ‘menghukum’ mereka itu inspektur Kenmochi! Percaya bahwa inspektur Kenmochi tidak bersalah, Kindaichi berusaha menyingkap pelaku yang sebenarnya. ...

Kasus pembunuhan Festival SMA Fudo SMA Fudo yang sedang dimeriahkan oleh festival sekolah. Tapi, dibalik semua itu ada takdir yang tenggelam dibalik bayangan. terjadi kasus pembunuhan di Maid Caf yang diadakan oleh klub fotografi. Kindaichi mulai mendekati kenyataan yang tersembunyi dari keanehan mayat yang dipakaikan baju maid! ...

Mimpi buruk terjadi lagi untuk yang ketiga kalinya di gedung opera yang dibangun di sebuah pulau terpencil di tengah laut!! Pembunuhan anggota kelompok teater di hadapan semua orang. Si pelaku melakukan pembunuhan dengan alibi yang sempurna! Pembunuhan kembali dilakukan di dalam gedung teater yang terkunci rapat di mana tak ada seorang pun yang dapat masuk. Tiga orang telah menjadi korban!! Lalu siapa sebenarnya `phantom` sang iblis pembunuh berdarah dingin yang bersembunyi dalam kegelapan ...

Kindaichi datang lagi ke gedung opera Penginapan tempat terjadinya dua kasus pembunuhan beruntun yang mengerikan. Akan tetapi, pada kunjungannya yang ketiga ini, terjadi lagi kasus pembunuhan misterius yang dilakukan oleh tokoh phantom dalam kisah Phantom of the Opera!! Apalagi inspektur kenmochi yang selama ini diandalkan menghilang entah ke mana. ...