Satsuki dan Mei adalah kakak-adik yang terpisah karena kedua orangtua mereka bercerai. Satsuki sangat membenci Mei yang memiliki sifat bertentangan dengannya dan menolak hubungan persaudaran mereka. Meski begitu, ibunya terus memaksa Satsuki untuk tetap berhubungan dengan Mei melalui surat. ...

Setelah dihapus ingatannya, Mikan kembali menjalani hidup sebagai orang biasa bersama kakeknya. Beberapa tahun berlalu, tiba-tiba muncul kasus penculikan misterius, di mana semua korbannya adalah anak perempuan yang seumuran dengan Mikan. Apakah semua ini ada kaitannya dengan Mikan atau Alice Academy? ...

Kakak beradik Imai, dan Pak Noda berkelana di ruang waktu demi mencari cara untuk menyelamatkan Natsume. Tapi, ternyata mereka harus menghadapi resiko yang sangat besar untuk bisa melakukan hal itu! Di lain pihak, kepergian Mikan dari Alice Academy sudah semakin dekat. Apakah Mikan masih sempat bertemu dengan Hotaru dan Natsume sebelum ingatannya tentang mereka semua lenyap? ...

Mikan dan Persona berusaha bergabung dengan Natsume dkk, tapi di tengah jalan Persona yang terluka parah, menyuruh Mikan meninggalkannya, dan segera pergi menemui Natsume. Sementara itu, Natsume mengerahkan segenap kekuatannya untuk menghentikan Kepsek SD! Akankah Natsume berhasil, dan juga menepati janjinya pada Mikan? ...

Nobara yang mendadak muncul di hadapan Mikan dan mengucapkan kata perpisahan membuat Mikan mendadak melakukan teleportasi! Aksinya itu dianggap melarikan diri oleh Kepsek SD, sehingga posisi Mikan terjepit. Walau begitu, Mikan tidak menyerah untuk menyelamatkan Nobara. Saat itu, Persona memilih untuk pindah ke kubu Mikan! Apakah itu murni dari hati Persona atau hanya jebakan Kepsek SD? ...

Kepsek SD mengadakan acara konser tahun baru dan mengundang Leo Mori sebagai artisnya! Hotaru dan kawan-kawan mengendus bahwa ada tujuan terselubung dari Kepsek SD di balik semua ini, sehingga mereka menyusun rencana untuk mengantisipasi timbulnya hal-hal yang tidak diinginkan. Tampaknya Leo sendiri juga sudah memiliki rencana untuk mengambil Z dari sisi Kepsek SD. Apakah yang akan terjadi di konser itu? ...

Gara-gara terkena ledakan, Yuka terluka parah! Keadaan itu diperburuk dengan penyusupan kelompok Z karena pelindung perguruan melemah setelah Kepsek SMP pingsan! Di tengah kekacauan, Shiki membuat kesepakatan dengan Kepsek SD mengenai masa depan perguruan dan Mikan. Apakah perjuangan mereka harus terhenti di sini? ...

Demi menyelamatkan kakaknya, Hotaru memilih memisahkan diri dari Mikan. Sementara itu, Natsume, Tsubasa, dan Kak Tono juga akhirnya terpaksa memisahkan diri dengan Mikan demi menghambat pada pengejar mereka. Walau kesedihan mencabik hati Mikan, ia dan Luca-Pyon meneruskan perjalanan mereka. Apakah Mikan dapat bertemu dengan Yuka? ...

Yo-chan yang nyaris tertangkap ternyata berhasil diselamatkan oleh Bear. Sementara itu, Yuka "Mengirimkan" beberapa buah batu Alice kepada Mikan dan kawan-kawan. Berkat batu-batu itu, Mikan, dkk dapat melarikan diri menggunakan teleportasi, menghindari kejaran seluruh isi perguruan yang telah dikendalikan! Di tengah-tengah pelarian, Nobara memutuskan memisahkan diri dari kelompok Mikan dan menghadapi Persona secara langsung! ...

Yuka yang telah melarikan diri dari Alice Academy, terpaksa berpindah-pindah tempat untuk menghindari kejaran pihak kepala sekolah SD. Berbagai hal yang terjadi membuat Yuka terpaksa meninggalkan Mikan di suatu tempat, dan terus berlari dan bersembunyi dari kejaran. Pertemuan dengan Shiki, membuat mereka memutuskan untuk membasmi kIon kepala sekolah SD bersama-sama, sampai akhirnya terlibat dengan organisasi Z!! ...

Mikan, dkk masih terus melanjutkan perjalanan mereka ke masa lalu. Kali ini, mereka bertemu Persona di masa kecil, dan mengetahui bagaimana kisah yang sebenarnya! Mulai dari kematian Izumi Yukihira, kepergian Yuka Azumi, serta apa saja yang telah dilakukan kepala sekolah SD!! ...

Batu alice yang dulu pernah direbut oleh Yuka dan Shiki akhirnya terpaksa dikembalikan pada Kepsek SD. Apakah setelah itu kedamaian masih akan terus menyelimuti Perguruan Alice? Lalu, bagaimana nasib Mikan yang dikurung di menara rahasia sementara teman-temannya sibuk merayakan Natal? ...

Stealing Alice yang baru didapat Mikan menjadi incaran kepala sekolah bagian SD! Dan, akhirnya Mikan dan teman-teman yang telah membantunya harus menghadapi hukuman yang sudah menanti. Tapi, ternyata ada sekolompok orang di Alice Academy yang memihak kepada Mikan, dan meminta agar Mikan segera meninggalkan Alice Academy! ...

Menjelang festival olahraga di Alice Academy, Mikan mendapat teman baru bernama Koizumi yang kekuatan alice-nya dirahasiakan. Walaupun selalu bersikap baik di depan yang lainnya, Koizumi justru selalu berusaha mencelakai Mikan, dan mendekati Natsume. Sebenarnya siapa, ya, Koizumi ini? ...

Selesai dengan festival olahraga, Mikan dan kawan-kawan kembali mengalami peristiwa aneh. Kali ini, gara-gara menghirup "Aroma Shuffle", roh Mikan dan kawan-kawan keluar dari tubuh masing-masing dan seenaknya masuk ke tubuh orang lain! Tentu saja Alice Academy menjadi heboh, namun berkat kejadian aneh ini, banyak hal tersembunyi yang dapat terkuak! ...