Masaru berpisah dari Shirogane untuk berlatih menghadapi Faceless. Perpisahan mereka menyebabkan Shirogane merasakan munculnya lubang besar di hatinya. Dalam situasi itu, Narumi tiba-tiba muncul kembali. Namun, Narumi yang kehilangan ingatannya menyerang Shirogane yang disangkanya Boneka Francine asli!! Perpisahan yang menyedihkan dan pertemuan kembali yang menyakitkan... ...

"Masaru diserang oleh para pengendali boneka dari Desa Kuroga yang memiliki dendam pada Sadayoshi dan mengira kalau ingatan Sadayoshi telah diunduh ke diri Masaru! Masaru kemudian dipaksa untuk mengarungi ingatan Shoji, sang kakek! Apakah perjalanan itu akan membantunya mengungkap semua misteri yang ada?" ...

Di tengah membaranya api yang melahap distrik lampu merah Maruyama, Angelina mengambil sebuah keputusan. Dia membeberkan rahasianya dan melindungi Shojiro. "Aku tidak ingin kau mati!" Sementara itu, perjalanan kenangan Masaru hampir mencapai puncaknya. Dia akan segera mengetahui siapa dirinya sebenarnya, apa boneka itu sebenarnya, dan identitas laki-laki misterius itu. Semuanya akan terungkap dalam perjalanannya melihat seluruh Jepang di Periode Meiji! ...

Benang takdir terjalin di Desa Kuroga 90 tahun lalu. Guy, seorang pemuda yang punya dendam pada ibunya, mencari Angelina yang sedang emngandung. Sementara itu, Shoji bertemu Boneka Francine... Dengan gabungan kekuatan mereka, sebuah nyawa yang akan melahirkan cinta dan mengubah hidup orang-orang terlahir ke dunia ini. “Eleonore”... Namun di tengah kebahagiaan itu, bayangan jahat menyusup mendekati mereka. Sang ibu dan anaknya pun harus terpisah. Yang dipercaya melindungi nyawa kecil itu ...

Pertempuran antara Narumi dan para Shirogane melawan para automata di markas mereka "Sirkus Tengah Malam" semakin berdarah-darah! Mereka semakin dekat dengan ruangan boneka Francine menunggu! Apakah mereka bisa menghentikan konflik yang berlangsung lebih dari ratusan tahun!? ...

Narumi dan Shirogane berjuang keras menyelamatkan Masaru yang diculik. Namun, mereka terhalang oleh banyaknya jebakan mekanis! Sementara itu, Masaru yang terus-menerus dijaga akhirnya menguatkan tekad untuk bertarung dengan kehendaknya sendiri. Siapakah yang akan memenangkan pertarungan dahsyat antar mekanisme raksasa di tengah ancaman meledaknya bom waktu!? ...

Teman pengembara Masaru dan Shirogane bertambah. Mereka adalah Lieselotte, gadis cantik penjinak singa dan tiga anggota Sirukus Nakamachi yang miskin namun baik hati dan kuat. Mereka menyelematkan seorang ibu rumah tangga yang disandera mantan suaminya dan diberikan tiket gratis untuk menonton Sirkus Straw. Ternyata itu sirkus tempat Shirogane bekerja dulu!? Apakah Shirogane akan menerima tawaran untuk bekerja kembali di Sirkus Straw atau tetap menjadi anggota Sirkus Nakamachi? ...

"Boneka Francine ini palsu!". Lalu, untuk apa perjuangan panjang para Shirogane jika ternyata yang mereka kejar selama ini hanyalah boneka palsu!? Di tengah-tengah kehancuran yang terjadi di gurun pasir, Narumi meneriakkan rasa frustasinya. Sementara itu, jauh di Jepang, Masaru mulai bergerak. Dia bertekad menyingkap rahasianya sendiri demi mengetahui kebenaran masa lalunya! ...

Satu per satu Shirogane tumbang di tangan Le Cattle Pioneere. Harapan mereka tertumpu pada satu orang. Narumi bangkit kembali sebagai seorang petarung yang mengemban harapan, amarah, dan kesedihan mereka!! Kemudian, Narumi bergerak menuju sasarannya yang duduk di kursi raja, yaitu... boneka Francine!! ...

Sebuah bangunan putih di Amerika, Illinois, adalah neraka. Narumi yang pergi ke tempat khusus menangani penyakit zonapha untuk mencari informasi tentang boneka otomatis dari anak-anak yang tersentuh boneka otomatis, melihat pemandangan yang sangat menyedihkan. Saat boneka otomatis menyerang tempat itu, Narumi sangat marah hingga wujud aslinya sebagai petarung mulai muncul! ...

Muncul pesaing kuat bagi Masaru! Namanya Ryoko, gadis yang membenci sirkus, selalu mengganggu Masaru dan ternyata ada alasan kenapa Ryoko benci pada sirkus... Sementara itu, di dalam pesawat menuju Cina, bagaimanakah takdir mereka yang akan disergap para automata!? ...

Narumi, dkk. berhasil menemukan suhu Liang dan kisah cinta tragis antara bai in, si ahli alkimia, dan francine, sang wanita bangsawan, akhirnya terkuak. Saat misteri terbesar terbuka di depan narumi, kawanan automata yang dipimpin Pantalone datang menyerang! Sementara itu, Guy yang diselamatkan anggota Sirkus Nakamachi ternyata memiliki hubungan dengan Shirogane!? ...

Pertarungan antara Shirogane dengan Four Pioneer sudah dimulai!! Hati semua shirogane bersatu karena keberadaan Narumi yang menyentuh hati mereka! Lalu, tiba saatnya Lucille, Shirogane tertua, beraksi? ...