Waktu berlalu sejak Mami dan Kyouko berpisah saat ini, Mami sudah punya murid baru yaitu Sayaka. Perbedaan pandangan Puella Magi muda yang idealis dan seniornya yang telah merasakan akibat dari suatu permohonan menjadi jalan untuk takdir gelap mereka yang menjual jiwanya. ...

Penyihir Miki Sayaka menyadarkan para Puella Magi atas takdir yang menanti mereka. Mami, Kyouko menanggapinya dengan berbeda. Lalu Madoka yang masih menyimpan permohonannya.... ...

Ada seorang gadis penyihir yang hebat. Tapi yang dia inginkan bukanlah sekedar mengalahkan penyihir. Teman seperjuangan, sesuatu yang belum pernah dia miliki, itulah keinginannya yang tidak terkabul. Kemudian dia bertemu seorang lagi gadis penyihir baru yang ingin menjadi muridnya. Kisah Madoka Magica kali ini dimulai dari saat ketika Mami dan Kyouko pertama kali bertemu. ...

Akhirnya Kyuube kembali lagi bersama terbongkarnya misteri Puella Magi kota Asunaro. Nico ingin menghancurkan manusia meski harus menggunakan kekuatan penyihir. Tapi Kazumi dan Pleiades yang tersisa ingin membuktikan mereka sanggup menantang sistem yang tidak adil ini. ...

Evil Nut dan penyihir yang bisa dimurnikan menjadi manusia ? Sekilas terlihat seperti dunia yang berbeda. Tapi ini masih dunia yang sama dan Puella Magi yang mencapai batasnya tetap akan menjadi penyihir juga. ...

Kazumi ternyata manusia yang dibuat dari seorang Puella Magi yang telah menjadi penyihir. Sungguh, suatu kisah yang penuh keputus asaan. Lalu saat seorang Puella Magi tenggelam dalam keputus asaan… ...

Puella Magi akan berubah menjadi penyihir. Hal ini adalah bagian mutlak dari hidup mereka yang menjual jiwanya untuk suatu keajaiban. Lalu tugas Pleiades adalah menghentikan mereka sebelum berubah menjadi monster. ...

Puella Magi hitam dan putih akhirnya menampakkan diri mereka. Karena sudah tak mungkin lagi bersembunyi, mereka melakukan yang mereka bisa untuk menyelamatkan dunia. Caranya dengan menghentikan tokoh yang akan membawa kehancuran, Kaname Madoka yang masih belum tahu apa-apa. ...

Apa sebenarnya para penyihir itu ? Bagaimanakah sistem yang mendasari para Puella Magi ? Siapakah Homura ? Jawaban datang bertubi-tubi pada Madoka seiring dengan semakin dekatnya kedatangan malam para penyihir. Akankah Madoka menyerah pada takdirnya, meski itu akan menghancurkan dunia. ...

Tiap malam, para gadis yang ajaib melindungi Mitakihara dari Nightmare, makhluk perwujudan mimpi buruk. Dengan bergabungnya Homura, kini kelompok mereka menjadi lima orang. Meski lawan juga semakin kuat, tapi hari-hari penuh kebersamaan ini sangatlah menyenangkan. Ada yang salah dengan itu. ...

Homura pernah menjual jiwanya untuk menyelamatkan Madoka. Kini, baginya jatuh dalam keputus asaan pun bukan apa-apa selama dia bisa menjauhkan Madoka dari genggaman Incubator. Lalu, manakah yang akhirnya akan dia dapatkan, bertemu dengan cahaya penyelamatannya, atau tenggelam selamanya dalam keputusasaan ? Mungkin juga, bukan keduanya. ...

Di salah satu dunia, ada sepasang Puella Magi yang mengetahui kebenaran dan ingin menyelamatkan dunia mereka dari kehancuran. Ini adalah kisah kecil mereka berdua sebelum bertemu dengan si pengembara waktu. ...